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Genomics --- Metagenomics --- Nucleotides --- Génomique. --- Métagénomique. --- Séquençage des acides nucléiques. --- Separation

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Après l'ère de la génomique, la métagénomique a envahi le domaine de la biologie. Permettant l'exploration du contenu génétique d'un échantillon issu d'un environnement complexe (sol, eau, végétal, microbiote animal, aliment, etc.), via le séquençage de l'ADN, la métagénomique repousse les limites imposées par la culture en milieu de laboratoire. Elle se caractérise par une production rapide et massive de données, et des traitements informatiques conséquents afin d'en retirer une information exploitable. Cet ouvrage fait le point sur les différentes technologies et les méthodes de production et d'analyses de données actuellement disponibles dans ce domaine. Il présente un panel des champs d'applications - agriculture, environnement, agroalimentaire et santé - qui bénéficient de l'apport de ces techniques pour mieux décrypter la diversité du monde vivant microbiologique. Il permettra aux étudiants, enseignants, chercheurs ou ingénieurs, quelle que soit leur spécialité en sciences de la vie ou de la Terre, de comprendre ces nouvelles approches, leurs mises en oeuvre et leurs limites.

Molecular genetics --- Molecular microbiology --- Molecular Biology. --- DNA. --- Metagenomics --- Génétique moléculaire --- Microbiologie moléculaire --- ADN --- Métagénomique --- Industrial applications --- Applications industrielles --- Metagenomics. --- Microbiologie moléculaire. --- ADN. --- Métagénomique. --- Applications industrielles. --- Industrial applications. --- Molecular Biology --- DNA

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Study of plant viruses is essential to address yield loss in crops due to diseases. However, viruses are most often studied in crops while viruses present in wild areas can also have a significant impact if the virus moves from one plot to another according to the different modes of transmission specific to each virus. It is therefore essential to better understand virus behaviour in these non-cultivated areas, and virus adaptation in their environment, through the identification of new virus species, new host plants and study of virus vectors. This will allow to better control disease risks to crops in case of virus transmission to them from wild reservoirs. In this study, prevalence of three plant viruses was examined, i.e. Barley yellow dwarf virus (Luteovirus, Luteoviridae), a new nepovirus (Secoviridae) candidate and a new waikavirus (Secoviridae) candidate three different plant communities (monoculture, pasture and grassland with high ecological value) within the Natural Park of Burdinale Mehaigne (Antheit, Province of Liège, Belgium). Virus prevalence was studied in plant communities as a whole as well as within some specific Poaceae species (Poa trivialis L. and Lolium perenne L.). Virus prevalence was studied using RT-PCR techniques to determine the presence of the virus in plant samples randomly collected from the plots. Co-infections between these three virus species were also analyzed. Bioinformatics analyses were also carried out on nepovirus and waikavirus candidates in order to determine if they represent some new virus species. Results showed a high prevalence (80-90%) of nepoviruses in wild plant communities, while any symptoms were observed. Bioinformatics analyses allowed study phylogeny of different consensus viral sequences established for each plant community. These sequences were then compared with each other but also with reference sequences from NCBI for Nepovirus, Waikavirus and Sequivirus genera (all belonging to Secoviridae family). Bioinformatics study showed that nepovirus is potentially a new virus species similar to Tomato black ring virus and Beet ringspot virus. The waikavirus shows a significant genetic difference with other waikaviruses. A last part of the project was to investigate host range of White clover mosaic virus. This virus, known to only infect Fabaceae plants such as clovers (Trifolium repens L.), was also detected by high throughput sequencing in Lolium perenne L. in a pasture in Héron (Province of Liège). Virus detection by RT-PCR in clovers and ryegrass confirmed sequencing data and allowed to extend host range of this virus species to Poaceae. L'étude des virus des plantes est essentielle pour remédier aux pertes de rendement des cultures dues aux maladies. Cependant, les virus sont le plus souvent étudiés dans les cultures alors que les virus présents dans les zones sauvages peuvent également avoir un impact significatif si le virus se déplace d'une parcelle à une autre selon les différents modes de transmission propres à chaque virus. Il est donc essentiel de mieux comprendre le comportement viral dans ces zones non cultivées et l'adaptation des virus dans leur environnement, par l'identification de nouvelles espèces virales, de nouvelles plantes hôtes et l'étude des vecteurs de virus. Cela permettra de mieux contrôler les risques de maladies pour les cultures en cas de transmission du virus à partir de réservoirs sauvages. Dans cette étude, la prévalence de trois virus végétaux a été examinée, à savoir le Barley yellow dwarf virus (Luteovirus, Luteoviridae), un nouveau nepovirus (Secoviridae) candidat et un nouveau waikavirus (Secoviridae) candidat dans trois communautés végétales différentes (monoculture, pâturage et prairie à haute valeur écologique) dans le Parc naturel Burdinale Mehaigne (Antheit, Province de Liège, Belgique). La prévalence du virus a été étudiée dans l'ensemble des communautés végétales ainsi que dans certaines espèces spécifiques de Poaceae (Poa trivialis L. et Lolium perenne L.). La prévalence du virus a été étudiée à l'aide de techniques de RT-PCR pour déterminer la présence du virus dans des échantillons de plantes prélevés au hasard sur les placettes. Les co-infections entre ces trois espèces de virus ont également été analysées. Des analyses bio-informatiques ont également été effectuées sur des candidats nepovirus et waikavirus afin de déterminer s'ils représentent de nouvelles espèces virales. Les résultats ont montré une prévalence élevée (80-90%) de nepovirus dans les communautés végétales sauvages, alors que des symptômes ont été observés. Les analyses bio-informatiques ont permis d'étudier la phylogénie de différentes séquences virales consensuelles établies pour chaque communauté végétale. Ces séquences ont ensuite été comparées entre elles, mais aussi avec des séquences de référence provenant de NCBI pour les genres Nepovirus, Waikavirus et Sequivirus (tous appartenant à la famille des Secoviridae). Une étude bio-informatique a montré que le nepovirus est potentiellement une nouvelle espèce de virus similaire au Tomato black ring virus et au Beet ringspot virus. Le waikavirus présente une différence génétique significative avec les autres waikavirus. Une dernière partie du projet consistait à étudier la gamme d'hôtes du White clover mosaic virus. Ce virus, connu pour n'infecter que des plantes de Fabaceae telles que le trèfle (Trifolium repens L.), a également été détecté par séquençage à haut débit sur Lolium perenne L. dans un pâturage à Héron (Province de Liège). La détection du virus par RT-PCR sur trèfle et ray-grass a confirmé les données de séquençage et a permis d'étendre la gamme d'hôtes de cette espèce de virus aux Poaceae.

wild Poaceae --- plant virus ecology --- metagenomics --- virus prevalence --- écologie des phytovirus --- métagénomique --- Poaceae sauvages --- prévalence du virus --- Sciences du vivant > Biologie végétale (sciences végétales, sylviculture, mycologie...)

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Rhizosphère --- Rhizosphere --- génomique --- genomics --- Métabolisme --- Metabolism --- Métabolite --- Metabolites --- Sciences du sol --- Soil sciences --- Biologie du sol --- Soil biology --- Composé organique --- organic compounds --- Composé volatil --- volatile compounds --- Micro-organisme du sol --- Soil microorganisms --- Soil science. --- Soil microbiology. --- Rhizosphere. --- Protéomique --- Métabolomique --- Métagénomique --- Transcriptomique