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Relation structure/fonction du facteur de transcription HNF-6 : étude d'une région conservée entre les protéines ONECUT
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Abstract

Hepatocyte nuclear factor six (HNF-6) is the prototype of the sixth family of liver-enriched transcription factors, called the ONECUT family. In mammals, this family contains three members, HNF-6 (OC-1), OC-2 and OC-3, which have been discovered in the host laboratory.
An alignment of the sequences of mammalian ONECUT proteins led to the identification of conserved regions among ONECUT proteins. The aim of this work was to study the role of one of these regions, the MRDER box. Two strategies have been used. First, we have performed a comparative study of the DNA-binding and the transcriptional activation properties of HFN-6α and of a mutant of HNF-6α whose MRDER bow has been deleted (HFN-6α∆MRDER). Our results show that this conserved box is involved in the transcriptional activation by HFN-6α without affecting the DNA-binding properties. Secondly, we have investigated whether the MRDER box can stimulate transcription when it is fused to a heterologous DNA-binding domain. We have studied the transcriptional activation properties of a fusion protein, GAL4-MRDER, composed of the yeast GAN4 DNA-binding domain fused to the MDER box. Our data show that the MRDER box is unable to stimulate transcription when it is isolated from its natural context in the HNF-6α protein.
In the last part of this work, we have performed a search for sequences homologous to the HNF-6α MRDER box. This analysis demonstrates that the MRDER box is specific to vertebrate ONECUT proteins. Indeed, the MRDER box is present in the three mammalian ONECUT members and in the zebrafish ONECUT homologue (Danio rerio), but not in the ONECUT proteins of invertebrates La protéine HNF-6 est le prototype de la sixième famille de facteurs de transcription hépato-spécifiques, la famille ONECUT. Chez les mammifères, celle-ci est composée de trois membres, HNF-6 (OC-1), OC-2 et OC-3. les trois membres de la famille ONECUT ont été découverts au sein du laboratoire d’accueil et y sont actuellement en cours d’étude.
Un alignement de séquences peptidiques des facteurs ONECUT de mammifères à permis de mettre en évidence la présence de régions conservées entre les protéines ONECUT. Cet alignement des protéines ONECUT de mammifères fut le point de départ du présent mémoire dont l’objectif est l’étude d’une région conservée, la boîte MRDER. Pour mener à bien ce projet, deux stratégies ont été employées. Premièrement, nous avons comparé la liaison à l’ADN et l’activité transcriptionnelle de HNF-6α et d’une protéine HNF-6α dont la boîte MRDER a été délétée. Les résultats ont montré que cette boîte conservée participe à l’activation de la transcription sans affecter la liaison à l’ADN. Deuxièmement, nous avons étudié les propriétés transcriptionnelle de la boîte MRDER isolée de son contexte naturel. Nous avons mesuré l’activité d’une protéine de fusion, GAL4-MRDER, composée du domaine de liaison à l’ADN de le protéine de levure GAL4 fusionné à la boîte MRDER. Cette dernière ne montra aucune activité transcriptionnelle lorsqu’elle était isolée de son contexte naturel.
La dernière partie de ce travail décrit les résultats obtenus lors d’une recherche d’homologie de séquences à partir de la séquence peptidique de la boîte MRDER. Cette recherche a confirmé les résultats de l’alignement et a permis de caractériser la boîte MRDER. Cette recherche a confirmé les résultats de l’alignement et a permis de caractériser la boîte MRDER comme une spécificité des protéines ONECUT de vertébrés. En effet, mis à part les trois membres de la famille ONECUT de mammifères, cette région est présente dans l’homologue ONECUT du poisson-zèbre (Danio rerio), mais pas dans les protéines ONECUT des invertébrés


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Le système de culture séquentielle hépatocytes-embryons dans le cadre des études de tératologie

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Abstract

Le premier objectif de ce travail était de vérifier si la culture séquentielle hépatocytes-embryons est un système au point (milieu de culture adéquat, absence d’embryotoxicité non spécifique, capacité métabolique des hépatocytes conservée) et capable de pallier à l’absence de métabolisme maternel dans les tests de tératogénicité in vitro.
Nos résultats ont montré qu’un milieu conditionné par des hépatocytes (MCH) n’affecte pas le développement et la différenciation embryonnaire. Le valproate de sodium (VPA), an antiépileptique tératogène, a été étudié. Lorsque le VPA (1mM) a été ajouté au MCH, la mortalité et la fréquence des malformations embryonnaires étaient respectivement de 43% et 100%. Lorsque le VPA a été ajouté au début de l’incubation des hépatocytes (MCH+VPA), la mortalité et la fréquence des malformations étaient respectivement de 11% et 100%. La différenciation était moins affectée (amélioration du score morphologique et augmentation du nombre de somites en fin de culture) que dans la première expérience. Dans la MCH+VPA, deux métabolites ont été détectés par GC-MS ; le 3-OH VPA et la PGA. Ils étaient présents en faible concentration. Le VPA restant en fin d’incubation représentait une fraction importante (± 70%) de la concentration initiale. Dans les embryons débarrassés de leurs membranes cultivés dans ce milieu, le 3-OH VPA et la PGA ont été détectés ; par contre, le VPA n’a pas été mis en évidence.
L’absence d’embryotoxicité et/ou de tératogénicité du MCH font du système de culture séquentielle un modèle préférable à l’utilisation des fractions subcellulaires.
La capacité métabolique des hépatocytes en suspension semble intacte. Toutefois, les concentrations des métabolites dans le milieu étant faibles, il serait avantageux de soumettre les rats donneurs à un inducteur enzymatique. Lors d’expériences ultérieurs, il serait également intéressant d’augmenter la densité cellulaire (hépatocytes/ml) et la durée de la suspension des hépatocytes.
Le 3-OH VPA et le PGA sont capables d’atteindre l’embryon. L’absence difficilement explicable du VPA dans les embryons doit être confirmée par d’autres expériences qui permettraient d’éclaircir ce point.
Le second objectif de ce travail était de déterminer le rôle et l’importance du système de culture d’embryons post-implantatoires ainsi que des cultures d’hépatocytes intacts dans les études de tératologie. Cette partie du travail se base sur les données de la littérature. Les études réalisées dans la littérature ont montré que la contribution du système de culture d’embryons post-implantatoires dans les études fondamentales en tératologie est importante. Il permet une étude de l’embryon dans un environnement plus simple et des conditions mieux contrôlées que in vivo. Dans le cadre de l’utilisation de ce système pour réaliser des tests de tératogénicité, plusieurs problèmes doivent encore être résolus, notamment l’absence de métabolisme maternel. Le système de culture séquentielle hépatocytes-embryons pourrait pallier à cette absence. Il contribuerait ainsi à la validation des cultures d’embryons in vitro. Ce n’est que lorsque le système de culture d’embryons aura été standardisé et validé qu’il pourra être utilisé à grande échelle pour tester le nombre croissant des produits auxquels les travailleurs sont exposés. D’autre part, dans le cadre d’études fondamentales, les cultures d’hépatocytes intacts permettraient d’étudier le rôle de métabolisme hépatique maternel dans le processus d’apparition d’anomalies congénitales.
L’utilisation des hépatocytes intacts comme système complémentaire aux cultures d’embryons post-implantatoires est récente. Un plus grand nombre de données doivent être collectées et discutées avant de connaître tous les avantages et les limites de ces modèles. Il en est de même pour savoir quel type de modèle est préférable selon les objectifs : coculture ou culture séquentielle ; hépatocytes en monocouche ou en suspension.
L’intérêt de ce travail dans la cadre de la toxicologie industrielle est d’étudier un modèle in vitro qui permettrait une évaluation rapide du potentiel tératogène des substances auxquelles pourraient être exposées les femmes enceintes occupées dans le secteur industriel. Les recherches de l’industrie chimique aboutissent en effet à la synthèse et à l’utilisation d’un nombre croissant de composés ; le nombre de ceux-ci est particulièrement élevé dans l’environnement industriel. Les tests in vivo sont trop longs et trop coûteux pour permettre l’étude de tous ces composés


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The one-third partial hepatectomy: a model to study various factors influencing the liver regeneration
Authors: --- ---
Year: 1994 Publisher: Bruxelles: UCL.,

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Abstract

Our study clearly establishes that the one-third partial hepatectomy is of particular interest in the study of the regenerative response, as In contrast to the two-thirds partial hepatectomy, it can easily be amplified by various factors.
In the first part, infusion of Diprivan (Propofol) increases the DNA synthesis in 10% partial hepatectomy from control value 13.2+/-1.8 to 54.5+/-7.7 (P<0.01),in one-third partial hepatectomy from 41.5+/-3.1 to 102.7+/-11.5 (P<0.001), in sham operation from 7.2+/-1.7 to 23.1+/-3.4 (P<0.01) but not after a two-thirds partial hepatectomy. Infusion in Intralipid emulsion alone also increases the DNA synthesis in 10% partial hepatectomy from 13.2+/-1.8 to 24.3+/-2.0 (P<0.01), in one-third partial hepatectomy from 7.2+/-1.7 to 20.4+/-4.2 (P<0.5) but not in two-thirds partial hepatectomy.
In the second part, a stimulatory effect of HGF administration on the DNA synthesis after a one-third partial hepatectomy, is obtained by two injections, immediately and at 12 hours (from control value 41+/-3.1 to 143+/-27.2 (P<0.001), by continuous infusion during 24 hours (to 109+/-20 P<0.01) or by a single injection at the 10th hour (to 105+/-19.5 O<0.01). By contrast, the administration immediately after the one-third partial hepatectomy seems much less efficient (65+/-18.8).
In the third part, the conversion of one-third into a two-third partial hepatectomy obtains a 24-jour response identical to the one after classic two-thirds partial hepatectomy (315+/-24 versus 333+/-18). By contrast, when the conversion is delayed at 14 hours, this response is markedly reduced (50+/-13).
These results suggest that the one-third partial hepatectomy is an interesting model which is more sensitive and it is susceptible to be modified by various factors such a Diprivan, Intralipid. The magnitude of the regenerative response to a one-third partial hepatectomy is easily modified at around the 10th hour by the administration of HGF or by the further reduction of the liver mass.


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Contrôle post-trauctionnel du facteur de transcription HNF-6
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Abstract

The transcription factor HNF-6, discovered in the host laboratory, is the prototype of the ONECUT class of transcription factors. These factors contain a DNA-binding region which is constituted of two domains, a single cut and a divergent homeodomain. HNF-6 stimulates transcription by binding to regulatory regions of several genes and it controls transcription of these genes during development and in the adult. HNF-6 binds to the hnf3 and transthyretin (TTR) promoters by different mechanisms, but we do not know how HNF-6 binds to the hnf4 promoter.
The aim of this work was to study the posttranslational control of HNF-6 by approaching the effect of growth factors of the serum and the effect of PKA. This effect could be a modification of the DNA-binding capacity of HNF-6 and/or a modification of transcriptional stimulation. Different cell lines were transfected with expression vectors and reporter genes, with or without serum and with or without a PKA activator. In vitro DNA-binding experiment (gel retardation assays) with the ttr, hnf3 and hnf4 probes did not show an effect of serum on HNF-6 DNA-binding. Cells exposure to serum did not change HNF-6 transcriptional stimulation either, as shown by transient transfection assays. Nevertheless, the transcriptional stimulation by HNF-6 was increased upon PKA stimulation when assayed on the ttr and hnf4 promoters, but not when tested on the hnf3 promoter. To conclude, a posttranslational control of HNF-6 does exist but this control must be characterized further for a better understanding of its mechanisms Le facteur de transcription HNF-6 dans le laboratoire d’accueil, est le prototype de facteurs de transcription appelée ONECUT. Ces facteurs contiennent une région impliquée dans leur liaison à l’ADN qui est constituée de deux domaines homéo particulier. HNF-6 stimule la transcription en se liant aux régions régulatrices de plusieurs gènes dont il contrôle l’expression à l’état d’adulte et pendant le développement embryonnaire. Les modalités de la liaison de HNF-6 sont différentes selon qu’il se lie au promoteur du gène codant la transthyrétine (TTR) ou à celui du gène codant HNF-3. Le mode de liaison de HNF-6 sur le promoteur du gène HNF4 n’est pas connu.
L’objectif de ce mémoire était d’étudier le contrôle post-traductionnel d’HNF-6 en abordant l’effet des facteurs de croissance du sérum et de la PKA sur HNF-6. Cet effet pouvait être une modification de la capacité de liaison d’HNF-6 sur ses cibles et/ou une modification de la stimulation de la transcription par HNF-6. Dans ce but, différents lignées cellulaires ont été transfectées en présence ou en absence de sérum ou en présence d’un activateur de la PKA. Des expériences de liaison in vitro de HNF-6 recombinant (retardement sur gel) sur les cibles ttr, hnf3 et HNF4 n’ont pas révélé d’effet du sérum sur la liaison de HNF-6 à l’ADN. L’exposition des cellules au sérum ne modifiait pas non plus la stimulation de la transcription, comme montré par les expériences de transcription transitoire. Cependant, la PKA provoquait une augmentation de la stimulation de la transcription par HNF-6 sur les cibles ttr et hnf4, mais pas sur la cible hnf3 . Ces effets de la PKA prouvent donc l’existence d’un contrôle post-traductionnel d’HNF-6, contrôle qui doit être caractérisé plus en détail afin d’en comprendre les mécanismes


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Peripheral Regulators of Obesity
Authors: --- ---
Year: 2019 Publisher: Frontiers Media SA

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Abstract

This eBook is a collection of articles from a Frontiers Research Topic. Frontiers Research Topics are very popular trademarks of the Frontiers Journals Series: they are collections of at least ten articles, all centered on a particular subject. With their unique mix of varied contributions from Original Research to Review Articles, Frontiers Research Topics unify the most influential researchers, the latest key findings and historical advances in a hot research area! Find out more on how to host your own Frontiers Research Topic or contribute to one as an author by contacting the Frontiers Editorial Office: frontiersin.org/about/contact


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Peripheral Regulators of Obesity
Authors: --- ---
Year: 2019 Publisher: Frontiers Media SA

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Peripheral Regulators of Obesity
Authors: --- ---
Year: 2019 Publisher: Frontiers Media SA

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This eBook is a collection of articles from a Frontiers Research Topic. Frontiers Research Topics are very popular trademarks of the Frontiers Journals Series: they are collections of at least ten articles, all centered on a particular subject. With their unique mix of varied contributions from Original Research to Review Articles, Frontiers Research Topics unify the most influential researchers, the latest key findings and historical advances in a hot research area! Find out more on how to host your own Frontiers Research Topic or contribute to one as an author by contacting the Frontiers Editorial Office: frontiersin.org/about/contact


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Enhancing Mesenchymal Stem Cells (MSCs) for Therapeutic Purposes
Authors: ---
Year: 2022 Publisher: Basel MDPI Books

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Abstract

The regenerative and immunomodulatory properties of mesenchymal stem cells (MSCs) have made these cells the focus of multiple pre-clinical studies and clinical trials. While the results from these clinical studies have established that MSCs are safe, the efficacy of these cells is not as well-established. In this regard, there have been increased efforts towards generating potentiated/activated MSCs with enhanced therapeutic efficacy. Research on the mechanisms for enhancing MSC potency and efficacy is an area of active study with great potential for translation into clinical settings. The purpose of this book is to bring together recent research from a broad range of topics relating to potentiation strategies for enhancing MSC therapeutic efficacy, including growth factor pre-conditioning, hypoxia, and 3D culture. The research compiled in this book increases the basic understanding of MSC culture techniques and describes some MSC preparations for potential novel therapeutic applications.

Keywords

Medicine --- cell therapy --- immunomodulation --- polyunsaturated fatty acid --- CD206 --- phagocytosis --- mesenchymal stem cells --- Vadadustat --- AKB-6548 --- preconditioning --- priming --- secretome --- chemotaxis --- Wharton’s jelly mesenchymal stem cells --- umbilical cord --- oxygen conditions --- secretory profile --- neuroprotection --- mesenchymal stromal cells --- 3D culture --- neurospheres --- spheroids --- pluripotency --- neural --- quiescence --- mesothelioma --- malignant pleural mesothelioma (MPM) --- liver cirrhosis --- placenta-derived mesenchymal stem cells --- WKYMVm --- combination therapy --- iPSC-derived MSCs --- iMSC secretome --- pre-conditioning --- angiogenesis --- IFN-γ --- hypoxia --- potentiation of iMSC efficacy --- nanofiber-hydrogel composite --- spinal cord injury --- inflammation --- macrophages --- secondary injury --- astrocytes --- axon growth --- adipose tissue-derived stem cells (ASCs) --- autophagy --- rapamycin --- 3-methyladenine --- immunosuppression --- exosome --- engineered cardiac patches --- adipose-derived stem cell --- paracrine potential --- osteogenic differentiation --- hepatocyte growth factor --- fibroblast growth factor 2 --- cell therapy --- immunomodulation --- polyunsaturated fatty acid --- CD206 --- phagocytosis --- mesenchymal stem cells --- Vadadustat --- AKB-6548 --- preconditioning --- priming --- secretome --- chemotaxis --- Wharton’s jelly mesenchymal stem cells --- umbilical cord --- oxygen conditions --- secretory profile --- neuroprotection --- mesenchymal stromal cells --- 3D culture --- neurospheres --- spheroids --- pluripotency --- neural --- quiescence --- mesothelioma --- malignant pleural mesothelioma (MPM) --- liver cirrhosis --- placenta-derived mesenchymal stem cells --- WKYMVm --- combination therapy --- iPSC-derived MSCs --- iMSC secretome --- pre-conditioning --- angiogenesis --- IFN-γ --- hypoxia --- potentiation of iMSC efficacy --- nanofiber-hydrogel composite --- spinal cord injury --- inflammation --- macrophages --- secondary injury --- astrocytes --- axon growth --- adipose tissue-derived stem cells (ASCs) --- autophagy --- rapamycin --- 3-methyladenine --- immunosuppression --- exosome --- engineered cardiac patches --- adipose-derived stem cell --- paracrine potential --- osteogenic differentiation --- hepatocyte growth factor --- fibroblast growth factor 2


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Enhancing Mesenchymal Stem Cells (MSCs) for Therapeutic Purposes
Authors: ---
Year: 2022 Publisher: Basel MDPI Books

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Abstract

The regenerative and immunomodulatory properties of mesenchymal stem cells (MSCs) have made these cells the focus of multiple pre-clinical studies and clinical trials. While the results from these clinical studies have established that MSCs are safe, the efficacy of these cells is not as well-established. In this regard, there have been increased efforts towards generating potentiated/activated MSCs with enhanced therapeutic efficacy. Research on the mechanisms for enhancing MSC potency and efficacy is an area of active study with great potential for translation into clinical settings. The purpose of this book is to bring together recent research from a broad range of topics relating to potentiation strategies for enhancing MSC therapeutic efficacy, including growth factor pre-conditioning, hypoxia, and 3D culture. The research compiled in this book increases the basic understanding of MSC culture techniques and describes some MSC preparations for potential novel therapeutic applications.


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Nanobody
Authors: ---
Year: 2021 Publisher: Basel, Switzerland MDPI - Multidisciplinary Digital Publishing Institute

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Abstract

Nanobodies have become outstanding tools for biomedical research, diagnostics and therapy. Recent advances in the identification and functionalization of target-specific nanobodies now make nanobody-based approaches broadly available to many researches in the field. This book provides a compilation of original research articles and comprehensive reviews covering important and up to date aspects of research on nanobodies and their applications for immunoassays, proteomics, protein crystallization and in vitro and in vivo imaging.

Keywords

Bacillus anthracis --- immunoassay --- single-domain antibody --- genetic fusion --- Beta galactosidase --- P-type ATPase --- nanobody --- llama --- Zinc-transport --- Zinc-transporting P-ATPase --- ZntA --- TNF --- fluorescent --- nanobodies --- sensor --- anti-cytokine therapy --- autoimmune disease --- Western equine encephalitis virus --- MagPlex --- toxin --- antibody --- camelid --- vaccine --- biodefense --- hydrogen exchange-mass spectrometry --- virus --- formatting --- Fc-domain --- half-life --- ischemia --- stroke --- MCAO --- single domain antibodies --- phage display --- intrabody --- intracellular antibody --- GTPase RHO --- BRET --- RAS --- chromobodies --- live-cell imaging --- compound screening --- cellular models --- single-domain antibody fragments --- molecular imaging --- molecular therapy --- nuclear imaging --- targeted fluorescence imaging --- intraoperative imaging --- Nanobody --- Single Domain Antibody --- Cancer --- Immunotherapy --- Imaging --- influenza --- influenza B virus --- hemagglutinin --- single domain antibody --- NanobodyTM --- yeast display --- epitope mapping --- GFP --- C. elegans --- development --- drosophila --- zebrafish --- targeted photodynamic therapy --- hepatocyte growth factor receptor --- HGFR --- c-Met --- Met --- VHH --- photosensitizer --- single-domain antibodies --- neurodegenerative diseases --- brain imaging --- blood–brain barrier --- delivery --- Aids --- HIV --- Llama Antibodies --- bi-specific VHH --- pepscan --- competition studies --- co-crystallisation --- n/a --- blood-brain barrier

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