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Grasses are diverse, spanning native prairies to high-yielding grain cropping systems. They are valued for their beauty and useful for soil stabilization, pollution mitigation, biofuel production, nutritional value, and forage quality; grasses encompass the most important grain crops in the world. There are thousands of distinct grass species and many have promiscuous hybridization patterns, blurring species boundaries. Resources for advancing the science and knowledgebase of individual grass species or their unique characteristics varies, often proportional to their perceived value to society. For many grasses, limited genetic information hinders research progress. Presented in this research topic is a brief snapshot of creative efforts to apply modern genomics research methodologies to the study of several minor grass species.

biomass yield --- differential gene expression --- grasses --- RNA-Seq --- Genomics --- Proteomics --- Genotypic diversity --- Stress Tolerance --- biomass yield --- differential gene expression --- grasses --- RNA-Seq --- Genomics --- Proteomics --- Genotypic diversity --- Stress Tolerance

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This eBook is a collection of articles from a Frontiers Research Topic. Frontiers Research Topics are very popular trademarks of the Frontiers Journals Series: they are collections of at least ten articles, all centered on a particular subject. With their unique mix of varied contributions from Original Research to Review Articles, Frontiers Research Topics unify the most influential researchers, the latest key findings and historical advances in a hot research area! Find out more on how to host your own Frontiers Research Topic or contribute to one as an author by contacting the Frontiers Editorial Office: frontiersin.org/about/contact

Science: general issues --- Medical genetics --- RNA-seq --- algorithm --- software pipeline --- method assessment --- differenial analysis

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Grasses are diverse, spanning native prairies to high-yielding grain cropping systems. They are valued for their beauty and useful for soil stabilization, pollution mitigation, biofuel production, nutritional value, and forage quality; grasses encompass the most important grain crops in the world. There are thousands of distinct grass species and many have promiscuous hybridization patterns, blurring species boundaries. Resources for advancing the science and knowledgebase of individual grass species or their unique characteristics varies, often proportional to their perceived value to society. For many grasses, limited genetic information hinders research progress. Presented in this research topic is a brief snapshot of creative efforts to apply modern genomics research methodologies to the study of several minor grass species.

biomass yield --- differential gene expression --- grasses --- RNA-Seq --- Genomics --- Proteomics --- Genotypic diversity --- Stress Tolerance

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La recherche d’information biologiquement pertinente à partir de données « omics » est un défi majeur dans les analyses d’expression à l’échelle du génome. Les données « omics » ne génèrent pas toutes la même quantité de variables. Cependant, les algorithmes de détection de voies de signalisation sont utilisés uniformément. La question de la relevance des voies de signalisation détectées avec des jeux de données moins denses en information peut donc se poser. Dans cette étude, nous évaluons comment la variation de la quantité de data background dans un jeu de données transcriptomiques influe sur les résultats générés par GSEA, l’algorithme le plus communément utilisé par la communauté scientifique pour la recherche de voies de signalisation biologiques.

RNA-seq, NGS, GSEA, DESeq2, bioinformatics, biostatistics --- Sciences de la santé humaine > Médecine de laboratoire & technologie médicale

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Des études récentes menées sur les mécanismes d'épissage alternatif chez Arabidopsis thaliana suggèrent un lien entre un facteur d’épissage appelé SR45 et certains gènes impliqués dans l’homéostasie du fer.
En se liant à des séquences particulières de l'ARN pré-messager, SR45 reconnaît ses cibles et permet le recrutement d'une machinerie d'épissage, le spliceosome, afin d'assurer le retrait des introns et la jonction des exons, des évènements qui caractérisent le phénomène d'épissage.

Sur base de la relation putative entre ce facteur et les voies de régulation du fer, une étude de l'épissage alternatif a été conduite sur des individus sauvages et mutants sr45-1 pour différentes conditions en fer.

Parallèlement à l'avènement des séquenceurs à haut débit, les outils d'analyse ont évolué et les méthodologies se sont multipliées. Aujourd'hui, les protocoles d'étude de l'épissage alternatif de données RNA-seq sont légion - ceci s'explique notamment par l'abondance de programmes qui peuvent intervenir à une étape donnée des analyses, leur intercompatibilité ou encore la question biologique adressée.

L’objectif de ce mémoire comprend la conception d'un pipeline adapté à l'étude de l'épissage alternatif différentiel chez A. thaliana et son application aux données expérimentales.

La première étape consiste à détecter les nouveaux variants et transcrits issus des génotypes et conditions étudiés et d'enrichir les annotations existantes. Les données relatives à seize individus A. thaliana pour des génotypes sauvages ou mutants sr45-1 et des conditions contrôle ou carence en fer, avec quatre réplicats biologiques, ont été séquencées et alignées sur un génome de référence. Les transcriptomes des différents échantillons ont été reconstruits et assemblés par groupe de réplicats.
Les transcrits extraits ont été comparés avec des annotations de référence. Les nouvelles annotations ont été filtrées et les nouveaux isoformes ou transcrits potentiels ont été ajoutés aux annotations. Un nouvel alignement des échantillons a été réalisé avec les annotations enrichies. Sur base de ces résultats, les transcrits ont été quantifiés et les analyses des gènes et transcrits différentiellement exprimés ont été menées.
Conjointement, l'analyse de l'épissage alternatif différentiel a été conduite entre les différents génotypes et conditions sur base des alignements des échantillons.

RNA-Seq, Arabidopsis thaliana --- épissage alternatif, EA, DAS, DASG,SR45, homéostasie des métaux, carence en fer --- Sciences du vivant > Biochimie, biophysique & biologie moléculaire