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UCLouvain (6)


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Etude du rôle des modifications d'histones sur la méthylation et l'expression des gènes cancer-lignée germinale
Authors: --- ---
Year: 2011 Publisher: Bruxelles: UCL,

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Abstract

MAGEA I gene, the expression of which is normally restricted to the germinal lineage, is activated in a variety of tumors of somatic origin. This aberrant activation was associated with demethylation 0f the 5’ region of ihe gene, but the causes of this epigenetic deregulation remain poorly understood. Recent studies show that MAGEAI gene demethylation in tumoral cells is associated with gains of histone H3 acetylation (H3Ac) and of histone H3 lysine 4 dimethylation (H3K4me2) at the level of ifs 5 region. The purpose of this study was to determine if these active histone modifications could be at the origin of DNA demethylation within the MAGEA I gene. To this end, we used the cellular clone MZ2-MEL.TrHM, which contains a methylated transgene (MAGEAI/hph). This hybrid transgene contains the coding sequence hph, which confers resistance to hygromycin, under control 0f the MAGEA 1 promoter. The methylated transgene however is not expressed, and celis are sensitive to hygromycin. Nevertheless, when M12—MEL.TrHM ceils are exposed to a DNA demethylating agent, hygromycin-resistant clones appear. To study the influence of histone acetylation, MZ2-MEL.TrHM cells were incubated with trichostatin A (TSA), a deacetylase inhibitor. Our results show that the resulting hyperacetylation Ied to transient derepression of the MAGEAI/hph transgene, but did not induce the appearance of hygromycin-resistant clones, in which the transgene was demethylated and durably activated. Moreover, our chromatin immunoprecipitation analyses indicate that the repressive state of the MAGEA I /hph transgene is associated with the local presence 0f LSD 1, a specific H3K4 demethylase. We therefore tested if the inhibition of LSD1, and consequently the gain of H3K4me2 methylation, could provoke DNA demethylation and stable activation of the MAGEAIIhph transgene. However, we neither observed transgene activation, nor obtained hygromycin-resistant clones, as a result 0f LSD1 inhibition in MZ2-MEL.TrHM cells. Finally, we observed a gain of H3Ac and H3K4me2 marks within the MAGEA1Ihph transgene, following transient inhibition of the DNA methyliransferase DNMT1. This suggests that these active histone modifications are o consequence, rather than a cause, of DNA demethylation Le gène MAGEAI, dont l’expression est normalement restreinte à la lignée germinale, est activé dans une variété de tumeurs d’origine somatique. Cette activation aberrante a été associée à la déméthylation de la région promotrice du gène, mais les causes de cette dérégulation épigénétique demeurent incomprises. Des études récentes montrent que la déméthylation du gène MAGEAI dans les cellules tumorales s’accompagne d’un gain d’acétylation des histones H3 (H3Ac) et de diméthylation de la lysine 4 des histones H3 (H3K4me2) au niveau de sa région 5’. Le but de ce mémoire était de déterminer si ces modifications d’histones activatrices pouvaient être à l’origine de la déméthylation de l’ADN au sein du gène MAGEA 1. A cette fin, nous avons utilisé le clone cellulaire MZ2-MEL.TrHM, qui contient un transgène hybride MAGEA1/hph méthylé. Celui-ci comporte la séquence codante hph, qui confère la résistance à l’hygromycine, sous contrôle du promoteur de MAGEA 1. Le transgène méthylé n’est cependant pas exprimé, et les cellules sont sensibles à l’hygromycine. Néanmoins, lorsque les cellules MZ2-MEL.TrHM sont exposées à un agent qui induit la déméthylation de l’ADN, des clones résistants à l’hygromycine apparaissent. Pour étudier l’influence de l’acétylation des histones, les cellules MZ2-MEL.TrHM ont été incubées en présence de trichostatin A (TSA), un inhibiteur de désacétylases d’histones. Nos résultats montrent que l’hyperacétylation qui s’ensuit induit une dé-repression transitoire du transgène MAGEAIIhph, mais n’aboutit pas à l’apparition de clones résistants à l’hygromycine dans lesquels le transgène est déméthylé et stablement activé. Par ailleurs, nos analyses d’immunoprécipitation de la chromatine indiquent que l’état réprimé du transgène MAGEA1/hph est associé à la présence locale de LSD1, une déméthylase spécifique de H3K4. Nous avons donc testé si l’inhibition de LSD1, et par conséquent le gain de méthylation H3K4me2, pouvait provoquer la déméthylation (ADN) et l’activation stable du transgène, MAGEAI/hph. Nous n’avons cependant pas observé d’activation du transgène, ni obtenu de clones résistants à l’hygromycine, suite à l’inhibition de LSD1 dans les cellules MZ2-MEL.TrHM. Enfin, nous avons observé un gain des marques H3Ac et H3K4me2 au sein du transgène MAGEAI/hph, suite à l’inhibition transitoire de la méthyltransférase d’ADN DNMT1. Ceci suggère donc que ces modifications d’histones activatrices sont une conséquence, plutôt qu’une cause, de la déméthylation de l’ADN.


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Altérations épigénétiques dans les cellules tumorales : étude des mécanismes menant à la répression du gène RAM2

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Abstract

DNA methylation profiles are profoundly altered in human tumors. While some genes become hypermethylated and repressed, others become hypomethylated and activated. The MAGEA1 gene for instance, is hypomethylated in a large variety of tumors. The molecular basis of such epigenetic alterations in tumors remains obscure. Work in the lab, which uses MAGEA1 as a model, aims at identifying the mechanisms that are responsible for DNA déméthylation in tumors.
The analysis of global gene expression data, which were performed in a variety of melanoma cell lines, revealed that MAGEA1 activation is often associated with loss of expression of the RAM2 gene (of unknown function). Our main objective is to unravel the molecular process that links RAM2 repression with MAGEA1 activation. Here we investigated the possibility that RAM2 repression and MAGEA1 activation may be two distinct consequences of a common epigenetic imbalance. To this end, we searched to identify the mechanisms involved in the repression of RAM2 in melanoma cell lines.
Our results show that RAM2 repression does not strictly rely on hypermethylation of its promoter region. Indeed, repression of this gene was not always associated with de novo DNA methylation of its promoter region, and was not alleviated when cells were treated with an inhibitor of DNA methylation. We then searched for the involvement of histone modifications. ChIP analyses demonstrated that RAM2 repression is associated with a local gain in methylation of lysine 27 of histone 3 (H3K27). We were able to show that EZH2 histone methyltransferase is involved in thos modification, since we observed recruitment of this enzyme within the promoter region of RAM2 in non-expressing cell lines. Moreover, EZH2 inhibition (with siRNA) induced RAM2 reactivation.
Recently, it has been proposed that DNA déméthylation in tumors may occur when precancerous cells transit through a phase of cellular senescence. Supporting evidence comes from the observation that the pRb protein, a key mediator of senescence, inhibits DNA methyltransferase activity. We propose that senescence may at the same time lead to the repression of RAM2, as it has been reported that pRb favors H3K27 trimethylation in some regions of the genome. Interestingly, we observed decreased RAM2 expression in senescent melanocytes Les profils de méthylation de l’ADN sont profondément altérés dans les tumeurs humaines. Certains gènes sont hyperméthylés et réprimés, d’autres gènes sont au contraire hypométhylés et activés. Le gène MAGEA1, par exemple, est hypométhylé et activé dans une grande variété de tumeurs. On connaît mal ce qui cause les remaniements de méthylation dans les tumeurs. Nos travaux visent à identifier les mécanismes responsables de la déméthylation de l’ADN dans les tumeurs, en utilisant le gène MAGEA1 comme modèle.
L’analyse de données d’expression génique globale dans une série de lignées de mélanomes a révélé que l’activation du gène MAGEA1 était souvent associée à la perte d’expression du gène RAM2 (de fonction inconnue). Le but de ce mémoire visait à établir le lien entre la répression de RAM2 et l’activation de MAGEA1. Nous avons investigué la possibilité que la répression de RAM2 et l’activation de MAGEA1 représenteraient deux conséquences distinctes d’un même processus de dérégulation épigénétique. Pour cela nous avons recherché les mécanismes responsables de la répression de RAM2 dans les lignées de mélanome.
Nos expériences démontrent que la répression de RAM2 ne repose pas sur l’hyperméthylation de son promoteur. En effet, la répression du gène n’est pas toujours associée à la méthylation de son promoteur, et n’est pas levée lorsqu’on traite les cellules avec un agent qui inhibe la méthylation de l’ADN. Nous avons donc recherché l’implication de modifications d’histone. Des analyses de la lysine 27 de l’histone3 (H3K27). Nous avons impliqué la méthyltranférase d’histone EZH2 dans cette modification, puisque nous avons observé le recrutement de cette enzyme au niveau du promoteur de RAM2 dans les lignées qui n’expriment pas la gène. Par ailleurs, l’inhibition d’EZH2 (par siRNA) induit la ré-activation de RAM2.
Récemment, il a été proposé que l’hypométhylation de l’ADN résulte du passage des cellules tumorales par un état de sénescence. La protéine Rb, un médiateur clé de la sénescence, inhibe en effet l’action des méthyltransférases d’ADN. Il est possible que la sénescence soit également responsable de la répression de RAM2. pRb est en effet capable de favoriser la méthylation de H3K27 dans certaines régions du génome. De façon intéressante, nous avons observé une diminution de l’expression de RAM2 dans des mélanocytes sénescents


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Etude du rôle du facteur de transcription BORIS dans l'activation du gène MAGE-A1 dans les tumeurs

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Abstract

MAGE-A1 gene belongs to the group of cancer-germline genes which are normally expressed specifically in the male germ cells, and are aberrantly activated in tumors of various histological types. The activation of these genes in tumors reveals antigens recognized by cytolytic T lymphocytes, which are important in cancer immunotherapy.
Previous work showed that the repression of MAGE-A1 gene in normal somatic tissues is due to the methylation of its promoter and that its activation tumors results from a process of DNA demethylation. At the present, the mechanisms responsible for the demethylation of MAGE-A1 gene in the tumors remain to be elucidated.
A recent study undertaken by the team of Victor Lobanenkov (NIH, Bethesda, USA) suggests that BORIS, a transcription factor, specifically expressed in the testis, would be directly responsible for the activation for MAGE-A1 gene and other cancer-germline genes in tumors. Their work indeed shows that, (i) BORIS is activated in a large majority of tumor samples, (ii) the induction of MAGE-A1 gene following treatment by the demethylating agent requires preliminary activation of BORIS, (iii) the overexpression of BORIS by transient transfection induces MAGE-A1 gene activation in normal fibroblasts.
Our objective was to check these assertions. Contrary to the results described by the Lobanekov group, we observed the activation of BORIS gene in a minority of tumor cell lines and tumor tissues. Moreover, a larger number of tumor samples express MAGE-A1 without BORIS. We also noted the absence of BORIS gene expression in clones where MAGE-A1 was activated following a demethylating treatment. Finally, in our experiments of transient transfection, the overexpression of BORIS did not induce activation of MAGE-A1 gene. We thus conclude that BORIS is not expressed in the majority of tumors and that it is not an essential factor for the activation of MAGE-A1 gene Le gène MAGE-A1 appartient au groupe des gènes “cancer-lignée germinale” qui sont normalement exprimés spécifiquement dans les cellules germinales mâles et sont activés de manière aberrante dans des tumeurs de types histologiques variés. L’activation de ces gènes dans les tumeurs fait apparaître des antigènes reconnus par les lymphocytes T cytolytiques. Ces antigènes sont donc utilisés en immunothérapie cancéreuse.
Certains travaux ont montré que la répression du gène MAGE-A1 dans les tissus somatiques normaux est due à la méthylation des son promoteur, et que son activation dans certaines tumeurs résulte d’un processus de déméthylation. A l’heure actuelle, les mécanismes responsables de la déméthylation du gène MAGE-A1 dans les tumeurs restent à élucider.
Une étude récente menée par l’équipe de Victor Lobanenkov (NIH, Bethesda, USA) suggère que BORIS, un facteur de transcription exprimé spécifiquement dans le testicule, serait directement responsable de l’activation du gène MAGE-A1 et d’autres gènes cancer-lignée germinale dans les tumeurs. Leurs travaux montrent en effet que (i) BORISest activé dans une très grande majorité des échantillons tumoraux, (ii) l’induction du gène MAGE-A1 suite au traitement par un agent déméthylant nécessite l’activation préalable du facteur BORIS, (iii) la surexpression du facteur BORIS par transfection transitoire induit l’activation du gène MAGE-A1 dans des fibroblastes normaux.
L’objectif de notre mémoire était de vérifier ces affirmations. Contrairement aux résultats décrits par le groupe de Lobanenkov, nous n’avons observé l’activation du gène BORIS que dans une minorité de lignées tumorales et tissus normaux. Par ailleurs, de nombreux échantillons tumoraux expriment MAGE-A1 sans exprimer BORIS. Nous avons également constaté l’absence de l’expression du gène BORIS dans des clones où MAGE-A1 a été activé suite à un traitement déméthylant. Finalement, dans nos expériences de transfection transitoire, la surexpression de BORIS n’a pas abouti à l’activation de MAGE-A1. Nous concluons donc que BORIS n’est pas exprimé dans la majorité de tumeurs et qu’il n’est pas un facteur obligé pour l’activation du gène MAGE-A1


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Implication de MAGE-A1 dans la méthylation d'un promoteur exogène

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Abstract

The MAGE-A family of human genes encodes tumor antigens which may be the target of an immune response driven by T lymphocytes CD8+. In normal somatic cells, these genes are only expressed in spermatogonia. They are also activated in various kinds of cancers. The function of MAGE-A proteins is still largely unknown.
Several studies providing from different laboratories (including Ludwig Institute in Brussels), have shown that MAGE-A1 proteins can interact with histone desacetylases in order to inactivate the expression of transgenes or genes regulated by p53. Moreover, it has been shown in our laboratory that MAGE-A1 protein easily interacts in co-immunoprecipitation with the DNA methyltransferases DNMT3A and DNMT3B.
The aim of this work was to analyse the role of the interaction between MAGE-A1 protein and the endogenous DNA methyltransferases. We wanted to test if MAGE-A1 is able to recruit an endogenous DNA methyltransferase and to modify the expression of an exogenous gene, Luc, encoding a luciferase. The U2OS cells have been chosen as recipient cells because of they express a high level of DNMT3A and DNMT3B.
To reach this purpose, a hybrid protein made of Gal4 binding domain and MAGE-A1 (Gal4bd/MAGE-A1) has been used because it is able to bind to the fixation site of Gal4. This fixation site is found upstream of the promoter of the exogenous gene Luc. We used as a negative control a protein which included only the Gal4 binding domain. Once clones stably expressing Gal4bd/MAGE-A1 or Gal4bd had been obtained, we transfected the reporter gene pGal4tkLuc. The number of integrated copies of the plasmid pGal4tkLuc was evaluated: it reached 2 copies per cell in the population expressing Gal4bd/MAGE-A1 and 0,1 copy per cell in the population expressing Gal4bd. We assessed the luciferase activity from the reporter gene and, by using the sodium bisulfite method, we determinate the methylation status of the exogenous promoter and of adjacent sequences.
The results indicate a decrease of luciferase activity on the long term: 45 days after transfection, luciferase activity decreases from a factor 26 or 123 in the populations expressing Gal4bd/MAGE-A1 while it didn’t vary that much in the population expressing Gal4bd.
Furthermore, we noticed a difference of methylation level within the promoter sequence after 45 days: while only 6,7% of CpG appeared to be methylated in the controls cells expressing Gal4bd, 22% of CpG were methylated in cells expressing Gal4bd/MAGE-A1. These results confirm our work hypothesis: MAGE-A1 seems to be able to recruit an endogenous DNMT. This allows the methylation of an exogenous promoter and induces the repression of the reporter gene controlled by promoter La sous-famille des gènes humains MAGE-A code des antigènes tumoraux qui peuvent être la cible d'une réponse immunitaire par les lymphocytes T CD8+. Dans les cellules normales, les gènes MAGE-A ne sont exprimés que dans les spermatogonies et, dans une moindre mesure, dans le placenta. Ils sont exprimés également dans de nombreux types de tumeurs. La fonction des protéines MAGE-A reste en grande partie inconnue. D'après les études réalisées dans différents laboratoires (dont celui de l’Institut Ludwig de Bruxelles), les protéines MAGE-A peuvent interagir avec des histones désacétylases pour réprimer l'expression de transgènes ou de gènes régulés par p53. De plus, il a été montré dans notre laboratoire que la protéine MAGE-A1 peut être facilement co-immunoprécipitée avec les DNA méthyltransférases Dnmt3a et Dnmt3b.
L'objectif de nos investigations est de mettre en évidence, dans un type cellulaire particulier, le rôle de cette interaction entre la protéine MAGE-A1 et les DNA méthyltransférases. Nous avons donc voulu tester si MAGE-A1 était capable de recruter une DNA méthyltransférase endogène pour modifier l'expression d'un gène exogène, le gène Luc codant la luciférase. Les cellules U2OS ont été choisies parce qu'elles expriment des quantités élevées de Dnmt3a et Dnmt3b endogènes. Une protéine hybride constituée du domaine de liaison à l'ADN de Gal4 fusionné à MAGE-A1 (Gal4bd/MAGE-A1) a été utilisée parce qu’elle peut se lier au site de fixation de Gal4 cloné en amont du promoteur du gène Luc. Le contrôle négatif utilisé comprenait seulement la protéine de liaison à l'ADN de Gal4. Après avoir obtenu des clones exprimant Gal4bd/MAGE-A1 ou Gal4bd de façon stable, nous avons transfecté le plasmide rapporteur pGal4tkLuc. Le nombre de copies de plasmide pGal4tkLuc intégré était en moyenne de deux copies par cellule pour les populations exprimant Gal4bd/MAGE-A1 et de 0,1 copie par cellule pour la population exprimant Gal4bd. Nous avons évalué l'activité luciférase du gène rapporteur et nous avons déterminé, par la méthode au bisulfite de sodium, l'état de méthylation du promoteur exogène ainsi que des séquences adjacentes.
Les résultats obtenus montrent une diminution de l'activité luciférase à long terme : 45 jours après la transfection, l'activité luciférase diminue d'un facteur 26 à 123 dans les populations exprimant Gal4bd/MAGE-A1 tandis qu'elle varie très peu dans la population exprimant Gal4bd. Au niveau de la méthylation après 45 jours, on voit une différence du pourcentage des CpG méthylés dans la séquence : ce pourcentage est de 6,7% pour le contrôle exprimant Gal4bd tandis qu'il atteint la valeur de 22% pour les cellules exprimant Gal4bd/MAGE-A1. Ces résultats sont en accord avec notre hypothèse de travail : MAGE-A1 semble capable de recruter une Dnmt endogène pour permettre la méthylation d'un promoteur exogène et donc la répression du gène rapporteur sous l'influence de ce promoteur


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Etude du processus de déméthylation du gène MAGE-A1 dans des cellules tumorales et des cellules souches embryonnaires

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Abstract

Gene MAGE-A1 belongs to a particular group of genes termed cancer-germline genes. In healthy adult individuals, these genes are expressed in male germline cells, whereas they remain silent in somatic tissues. However, their expression becomes aberrantly activated in tumors of different histological origins. Due to this particular expression profile, cancer-germline genes encode tumor-specific antigens, which represent potential targets for therapeutic vaccination against cancer. It has been shown that the silencing of MAGE-A1 in normal somatic tissues is due to CpG methylation within the promoter region of the gene. Aberrant activation of this gene in tumors appears to be associated with a process of DNA demethylation, which frequently affects the genome of cancer cells. The mechanisms underlying this epigenetic alteration in tumor cells are still unknown. Previous transfection experiments with in vitro methylated MAGE-A1 sequences demonstrated that melanoma cells MZ2-MEL, in which the gene is hypomethylated and active, have lost the ability to induce demethylation of newly integrated MAGE-A1 transgene. This suggested that the activation of MAGE-A1 in MZ2-MEL cells results from a historical event of transient demethylation. By performing similar transfection experiments, we now demonstrate that, like MZ2-MEL cells, other MAGE-A1-expressing tumor cells also lack a permanent demethylation activity targeted to the gene. The involvement of a transient DNA demethylation process appears therefore to be a general rule for the activation of MAGE-A1 in tumor cells. Contrary to tumor cells, which originate from somatic precursor cells, embryonic stem cells appear to possess an ongoing DNA demethylation activity. Consistently, previous transfection experiments indicated that mouse embryonic stem cells (mES) are able to induce demethylation of MAGE-A1 transgenes. Here, we show that the demethylation activity in mES cells is targeted to a limited region of the transgene, which is centered on the transcription start site. Moreover, by assessing transgenes carrying mutations within essential promoter elements, we found that the level of transcriptional activity determines the level of hypomethylation of the transgene following transfection in mES cells. Le gène MAGE-A1 appartient au groupe des gènes cancer-lignée germinale. Chez l’adulte, ces gènes sont exprimés dans les cellules germinales mâles, alors qu'ils restent silencieux dans les tissus somatiques. Par contre, suite à une activation aberrante, ces gènes sont exprimés dans des tumeurs d'origines histologiques différentes. Grâce à ce profil d'expression particulier, les gènes cancer-lignée germinale codent des antigènes spécifiques des tumeurs, qui représentent des cibles potentielles pour une vaccination antitumorale. Il a été montré que la répression du gène MAGE-A1 dans les tissus somatiques est due à la méthylation des CpG situés dans la région promotrice du gène. L'activation aberrante de ce gène dans les tumeurs semble être associée à un processus de déméthylation de l'ADN, qui affecte fréquemment le génome des cellules tumorales. Les mécanismes responsables de ces altérations épigénétiques dans les cellules tumorales restent incompris. Des expériences précédentes de transfection de séquences de MAGE-A1 méthylées in vitro ont montré que les cellules de mélanome MZ2-MEL, dans lesquelles le gène MAGE-A1 est hypométhylé et actif, ont perdu la capacité de déméthyler un transgène MAGE-A1 nouvellement intégré. Ceci suggère que l'activation de MAGE-A1 dans les cellules MZ2-MEL résulte d'un évènement historique de déméthylation transitoire. En effectuant des expériences de transfection similaires, nous avons à présent montré que, comme les cellules MZ2-MEL, d'autres cellules tumorales exprimant MAGE-A1 n'ont pas d'activité permanente de déméthylation ciblée sur le gène. L'implication d'un processus de déméthylation transitoire de l'ADN semble donc être une règle générale pour l'activation de MAGE-A1 dans les cellules tumorales. Contrairement aux cellules tumorales qui dérivent de cellules somatiques, les cellules souches embryonnaires semblent posséder une activité permanente de déméthylation de l'ADN. En effet, des expériences antérieures de transfection ont indiqué que les cellules souches embryonnaires de souris (mES) sont capables d'induire la déméthylation d'un transgène MAGE-A1. A présent nous avons montré que l'activité de déméthylation dans les cellules mES est ciblée sur une région limitée du transgène, centrée sur le site d'initiation de la transcription. De plus, en utilisant des transgènes portant des mutations dans des sites essentiels au promoteur, nous avons trouvé que le niveau d'activité transcriptionnelle détermine le niveau d'hypométhylation qu'atteint le transgène après transfection dans les cellules mES.


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Expression d'un gène de souris homologue à la famille des gènes MAGE (melanoma antigen) humains

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Abstract

Le gène MAGE-1 encode un antigène de rejet tumoral défini par un clone de lymphocytes T cytolytiques autologues sur une lignée de mélanome humain. Ce gène est exprimé dans de nombreuses lignées de cellules tumorales mais semble silencieux dans la plupart des tissus normaux étudiés. Un gène de souris homologue au gène humain mage-1 a été cloné afin de pouvoir étudier systématiquement l’expression d’un gène apparenté dans les tissus normaux SMAGE-1 (Souris-MAGE) dans des lignées cellulaires et dans des tissus normaux de souris et de rat.
L’expression du gène SMAGE-1 est évidente par analyse en Nothern blot dans quelques lignées dérivées de cellules tumorales ou embryonnaires. Elle est indétectable par cette technique dans tous les tissus normaux testés, qu’ils proviennent d’animaux adultes ou d’embryons. En utilisant une technique de détection beaucoup plus sensible comme le test de protection aux ribonucléases, l’expression du gène SMAGE-1 est faible dans des embryons de 11 à 15 jours, et très faible dans près de la moitié des organes adultes testés. Ces derniers incluent le cerveau, le cœur, les poumons, le placenta, la rate et le thymus. Une grande hétérogénéité d’ARNm contenant une séquence SMAGE-1 a été observée dans la rate et dans le thymus.
Ces observations suscitent de nouvelles études structurelles qui permettront de définir une famille de gènes de souris SMAGE homologue à la famille des gènes humains MAGE. Elles permettent aussi d’élaborer des hypothèses relatives à la fonction toujours énigmatique de ces gènes.

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