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Indiens d'Amérique --- Bisons --- Histoire.

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Les bisons d’Europe (Bison bonasus) ont disparu à l’état sauvage à la fin de la première guerre
mondiale. Ils ont survécu dans divers zoos et ont ensuite été réintroduits dans la forêt de Biało-
wieża, en Pologne. Pour étudier les conséquences de ce bottleneck et étudier l’état actuel de
conservation de l’espèce, une caractérisation de la consanguinité a été réalisée. L’utilisation d’une approche génomique permet de s’affranchir de la généalogie. Le modèle HMM multiclasses utilisé (ZooRoH) estime la consanguinité globale et locale réalisée. Il évalue également l’âge des ancêtres (c’est-à-dire à quelle génération du passé ils appartenaient) à l’origine de la consanguinité. Les objectifs de ce travail étaient de porter ZooRoH sous l’environnement R en améliorant ses propriétés (entre autres pour l’estimation des paramètres) avant de caractériser la consanguinité chez les bisons d’Europe.
Tout d’abord, la méthode d’estimation des paramètres d’origine (EM) a été remplacée par la
méthode L-BFGS-B de la fonction optim. Celle-ci nécessite moins d’itérations pour converger et
a, en plus, un critère d’arrêt plus adapté. Une reparamétrisation a aussi été réalisée, permettant
d’obtenir des paramètres avec les propriétés désirées, ainsi que de rendre les résultats plus facilement interprétables et lisibles. Ces modifications ont été évaluées sur des jeux de données simulées et réelles en comparant les vraisemblances, paramètres et coefficients de consanguinité estimés via 4 modèles (2e, 4p, 4e, 10p). Il a été montré que les modèles 4p et 10p sont plus stables que le modèle 4e. Ainsi, lors de l’étude subséquente de la consanguinité des bisons avec ce programme, le modèle 10p a été utilisé pour allier deux avantages : facilité de comparaison des individus et vue large du passé avec ses 9 classes autozygotes (IBD).
Préalablement à l’estimation de la consanguinité globale des bisons avec ZooRoH porté sous R
(ZooRoH/R), la structure de leur population a été analysée (MDS avec PLINK, PCA avec GCTA
puis ADMIXTURE) pour conclure à son homogénéité. Une consanguinité globale de 40% en moyenne dans la population a été estimée, ce qui est très élevé à la fois par rapport au Blanc-Bleu Belge, considéré déjà comme fortement consanguin, et par rapport à une consanguinité attendue d’un accouplement père-fille (25%). En retirant des marqueurs en déséquilibre de liaison, la consanguinité plus ancienne est difficilement détectable. Cependant la consanguinité reste assez récente et semble se stabiliser : les animaux nés plus récemment voient leur consanguinité se déplacer légèrement vers des classes plus anciennes.
Ainsi, ce travail est un premier pas vers la création d’un package R pour ZooRoH qui pourra être
appliqué à une population au passé démographique inconnu. Il a également permis de confirmer
une réintroduction des bisons réussie et de suspecter un événement de purge passé.

consanguinité --- Bisons d'Europe --- HMM --- Sciences du vivant > Génétique & processus génétiques

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American Bison combines the latest scientific information and one man's personal experience in an homage to one of the most magnificent animals to have roamed America's vast, vanished grasslands. Dale F. Lott, a distinguished behavioral ecologist who was born on the National Bison Range and has studied the buffalo for many years, relates what is known about this iconic animal's life in the wild and its troubled history with humans. Written with unusual grace and verve, American Bison takes us on a journey into the bison's past and shares a compelling vision for its future, offering along the way a valuable introduction to North American prairie ecology. We become Lott's companions in the field as he acquaints us with the social life and physiology of the bison, sharing stories about its impressive physical prowess and fascinating relationships. Describing the entire grassland community in which the bison live, he writes about the wolves, pronghorn, prairie dogs, grizzly bears, and other animals and plants, detailing the interdependent relationships among these inhabitants of a lost landscape. Lott also traces the long and dramatic relationship between the bison and Native Americans, and gives a surprising look at the history of the hide hunts that delivered the coup de grâce to the already dwindling bison population in a few short years. This book gives us a peek at the rich and unique ways of life that evolved in the heart of America. Lott also dismantles many of the myths we have created about these ways of life, and about the bison in particular, to reveal the animal itself: ruminating, reproducing, and rutting in its full glory. His portrait of the bison ultimately becomes a plea to conserve its wildness and an eloquent meditation on the importance of the wild in our lives.

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