Choose an application

• Reference Manager
• EndNote
• RefWorks (Direct export to RefWorks)

Choose an application

• Reference Manager
• EndNote
• RefWorks (Direct export to RefWorks)

Choose an application

• Reference Manager
• EndNote
• RefWorks (Direct export to RefWorks)

Choose an application

• Reference Manager
• EndNote
• RefWorks (Direct export to RefWorks)

EEN STUDIE VAN GEMODIFICEERDE NUCLEOTIDEN ALS SUBSTRAAT VOOR POLYMERASEN De polymerisatie van nucleotiden tot DNA en RNA is essentieel voor de overleving van elk levend organisme. Dit proces is gekatalyseerd door polymerasen. De laatste jaren zijn ontelbare gemodificeerde nucleotiden gesynthetiseerd. De herkenning van gemodificeerde nucleotiden door polymerasen kan bestudeerd worden voor verschillende doeleinden. Ten eerste helpt het bestuderen van de modificaties die door een polymerase aanvaard worden inzicht te verwerven in deze enzymen. Ten tweede kunnen gemodificeerde nucleotiden die door een viraal polymerase ingebouwd worden in een DNA of RNA duplex aangewend worden in antivirale therapie. Ten derde laat de herkenning van gemodificeerde nucleosidetrifosfaten door polymerasen de vorming van polymeren toe die structureel of functioneel verschillen van DNA en RNA. Zulke polymeren kunnen gebruikt worden omwille van hun verhoogde stabiliteit, flexibiliteit, resistentie tegen afbraak of verbeterde hybridisatie-eigenschappen. Om deze redenen kunnen ze gebruikt worden in technologieën met therapeutische of diagnostische doeleinden. Synthetische polymeren kunnen dienst doen in biologische systemen die orthogonaal zijn met het natuurlijke cellulaire systeem. Zulke systemen kunnen ontworpen worden voor de efficiënte productie van geneesmiddelen. In het eerste experimentele hoofdstuk worden gemodificeerde nucleosidetrifosfaten onderzocht als substraat van het RNA-afhankelijke RNA polymerase van het hepatitis C virus. Ondanks de structurele diversiteit van de moleculen, wordt geen enkel molecule aanvaard als substraat door het polymerase. In het tweede experimentele hoofdstuk worden β-homo- en β-gluconucleotideanalogen onderzocht als substraten van het familie B polymerase Vent (exo-). De vier rigide zesringnucleotide-analogen worden door het polymerase ingebouwd in een DNA-duplex. De herkenning van fosfonaatnucleosiden door polymerasen wordt bestudeerd in het derde en het vierde experimentele hoofdstuk. Fosfonomethyl-threosyladenine (PMTA) kan gepolymeriseerd worden door Therminator polymerase tot de primer + 10 sequentie. Fosfodiësterasedegradatie laat de isolatie toe van een PMTA tri- tot pentameer met een 5′-dGMP aan het 3′-uiteinde van het fosfonomethyl-threosyl oligonucleotide. Deze methode kan een oplossing bieden voor de ligatieproblemen die dikwijls voorkomen bij de constructie van chimeren. De enzymatische synthese en isolatie van deze stabiele gemodificeerde oligonucleotiden is belangrijk omdat ze chemisch moeilijk te maken zijn. Fosfonomethyl-deoxyribosylnucleosidedifosfaten (PMdNpps) met de C-, A-, T- en U-basen worden eveneens onderzocht als substraat voor polymerasen. Gemengde sequenties van vier opeenvolgende gemodificeerde nucleotiden kunnen bekomen worden. De gestuurde evolutie van een “PMdN-afhankelijk PMdN polymerase” is nodig om de studie van deze polymeren voor verschillende toepassingen mogelijk te maken. In het vijfde experimentele hoofdstuk proberen we een algemene methode te ontwikkelen voor de enzymatische synthese van oligonucleotiden. Omwille van de beperkingen van de enzymatische route wordt een alternatieve route voor de snelle en efficiënte synthese van gemodificeerde oligonucleotiden onderzocht in het zesde experimentele hoofdstuk. Geactiveerde gemodificeerde nucleotiden worden gebruikt voor chemische invul-, ligatie- en polymersiatiereacties. Deze reacties kunnen een oplossing bieden voor de snelle, eenvoudige, goedkope en propere constructie van chimeren. Geen invul- en ligatiereactie van de bouwstenen wordt geobserveerd en er wordt geen katalysator gevonden voor de polymerisatiereactie. We kunnen besluiten dat nog veel informatie in verband met polymeraseherkenning en -processing ontbreekt. Meer functionele enzymstudies met synthetische nucleotiden zijn nodig om de determinanten van de substraatherkenning door polymerasen volledig te doorgronden. Gestuurde evolutie van polymerasen is nodig om enzymen te ontwikkelen die specifieke, gemodificeerde nucleotiden efficiënt polymeriseren tot oligomeren en zo de studie van de eigenschappen van de polymeren mogelijk te maken. THE EXPLORATION OF MODIFIED NUCLEOTIDES AS A SUBSTRATE OF POLYMERASES The polymerisation of nucleotides into DNA and RNA strands is a crucial process for the survival of any living species. This process is catalysed by polymerases. In recent years numerous modified nucleotides have been synthesized. The recognition of modified nucleotides by polymerases can be studied for various purposes. Firstly, investigating the acceptance of modifications by polymerases helps us to gain insight into the mechanism of action of these important enzymes. Secondly, modified nucleotides can be used in antiviral therapy through their incorporation into a growing DNA or RNA duplex by a viral polymerase. Finally, the recognition of modified nucleoside triphosphates allows the formation of polymers that are structurally or functionally different from RNA and DNA. Such polymers can be used because of their enhanced stability, flexibility, resistance to degradation or hybridisation capacities. For these reasons they can be applied in technologies with therapeutic or diagnostic purposes. Synthetic polymers can be used in biological systems that are orthogonal to our cellular system. Such systems can be constructed for the efficient production of drugs. In the second chapter various modified nucleoside triphosphates are investigated as a substrate for the RNA dependent RNA polymerase of the hepatitis C virus. Despite the structural diversity of the molecules, none is accepted by the polymerase as a substrate. In the third chapter, β-homo and β-gluco nucleoside triphosphate analogues are investigated as a substrate of the family B polymerase Vent (exo-). All four rigid six-membered sugar ring nucleotide analogues are incorporated into a DNA duplex by the polymerase. The recognition of phosphonate nucleoside diphosphates by polymerases is explored in the chapters four and five. Phosphonomethyl-threosyl adenine (PMTA) can be polymerised by Therminator polymerase up to the primer + 10 sequence. After phosphodiesterase degradation a PMTA tri- to pentamer with a 5′-dGMP at the 3′-end of the phosphonomethyl-threosyl oligonucleotide is isolated. This method can provide a solution to ligation problems encountered in chimer construction. The enzymatic synthesis and isolation of these stable modified oligonucleotides is important because they are difficult to synthesise chemically. Phosphonomethyl-deoxyribosyl nucleoside diphosphates (PMdNpps) with the C, A, T and U bases are also investigated as a substrate of polymerases. Stretches of four consecutive mixed nucleotide analogues can be obtained. The directed evolution of a ‘PMdN dependent PMdN polymerase’ is necessary to enable the study of these polymers for various purposes. The development of a general method for the enzymatic synthesis of modified oligonucleotides is explored in the sixth chapter. Because of the poor efficiency of the enzymatic approach, an alternative route for the fast and efficient synthesis of modified oligonucleotides is investigated in chapter seven. Activated modified nucleotides are used for chemical fill-in, ligation and polymerisation reactions. These reactions can provide an easy, fast, cheap and clean method for the synthesis of modified oligonucleotides. However, no fill-in and ligation of the building blocks is observed and no catalyst is found for the polymerisation reaction. We can conclude that a lot of information on polymerase recognition and processing is still missing. More functional enzyme studies with synthetic nucleotides are required in order to be able to fully understand the determinants of substrate acceptance by polymerases. The evolution of polymerases is required to develop enzymes capable of efficiently processing specific modified nucleotides into polymers to allow the investigation of the properties of the oligomers obtained. EEN STUDIE VAN GEMODIFICEERDE NUCLEOTIDEN ALS SUBSTRAAT VOOR POLYMERASEN De genetische informatie van alle levende wezens zit vervat in het DNA en het RNA. Dezen bestaan uit een aaneenschakeling van 4 verschillende bouwstenen; de nucleotiden A, G, C en T/U (respectievelijk bij DNA/RNA). De enzymen die verantwoordelijk zijn voor de aaneenschakeling van nucleotiden tot DNA zijn de polymerasen. Nucleotiden bestaan uit een suiker-, een fosfaat- en een basegedeelte. In het verleden werden al talrijke nucleotiden gesynthetiseerd met een modificatie ter hoogte van één van deze gedeelten. In deze thesis wordt geprobeerd dergelijke onnatuurlijke nucleotiden in te bouwen in natuurlijk DNA met behulp van polymerasen. Dit onderzoek wordt uitgevoerd voor verschillende doeleinden. Ten eerste kunnen gemodificeerde nucleotiden die door een viraal polymerase ingebouwd worden in DNA of RNA dienst doen als antiviraal middel door de replicatie van het virus te blokkeren. Ten tweede laat de herkenning van gemodificeerde nucleotiden door polymerasen de vorming van polymeren toe die structureel of functioneel verschillen van DNA en RNA. Polymeren met verbeterde eigenschappen kunnen gebruikt worden in toepassingen met therapeutische of diagnostische doeleinden. Ten derde kan dit werk helpen inzicht te verwerven in het werkingsmechanisme van polymerasen.   In het tweede hoofdstuk van dit werk worden gemodificeerde nucleotiden onderzocht als substraat van het polymerase van het hepatitis C virus. Ondanks de structurele diversiteit van de geteste moleculen, wordt geen enkel molecule aanvaard als substraat door het polymerase. In het derde hoofdstuk worden vier nucleotide analogen met een rigide zesring suiker in plaats van de natuurlijke, flexibele vijfring onderzocht als substraten van een familie B polymerase. Allevier de analogen worden door het polymerase ingebouwd in natuurlijk DNA. De herkenning door polymerasen van nucleotiden met een modificatie in het fosfaatgedeelte wordt nagegaan in de hoofdstukken vier en vijf. Tot tien opeenvolgende fosfonomethyl-threosyl adenine (PMTA) bouwstenen kunnen ingebouwd worden in natuurlijk DNA door het Therminator polymerase. Selectieve afbraak van het DNA laat de isolatie van een PMTA polymeer met een natuurlijke bouwsteen aan het 3′-uiteinde toe. Deze methode kan een oplossing bieden voor de moeilijke synthese van gemengde DNA constructen. De synthese en isolatie van PMTA polymeren met behulp van polymerasen is belangrijk omdat ze moeilijk chemisch te maken zijn en omwille van hun stabiliteit, waardoor ze in veel toepassingen gebruikt zouden kunnen worden. Fosfonomethyl-deoxyribosyl nucleotide analogen (PMdNpps) worden eveneens onderzocht als substraat voor polymerasen. Vier opeenvolgende gemodificeerde nucleotiden kunnen ingebouwd worden in natuurlijk DNA. De ontwikkeling van een polymerase dat specifiek deze bouwstenen kan polymeriseren is nodig om deze polymeren verder te kunnen bestuderen. In hoofdstuk zes proberen we een algemene methode te ontwikkelen voor de synthese van polymeren van (gemodificeerde) nucleotiden met behulp van enzymen. Omwille van de moeilijkheden die we hierbij tegenkomen, onderzoeken we een alternatieve route voor de snelle en efficiënte synthese van DNA analogen in het laatste hoofdstuk. Om de vorming van gemodificeerd DNA toe te laten zonder het gebruik van enzymen, worden reactieve groepen op de (gemodificeerde) nucleotiden geplaatst. Zodoende kan de chemische inbouw van deze bouwstenen in DNA nagegaan worden. Dergelijke reacties kunnen een oplossing bieden voor een snelle, eenvoudige, goedkope en propere synthese van gemengde DNA constructen. Ondanks de verschillende reactieomstandigheden die onderzocht worden, vindt geen inbouw plaats. We besluiten dat nog veel informatie over polymerasen ontbreekt. Meer enzymstudies met synthetische nucleotiden zijn nodig om het werkingsmechanisme van polymerasen volledig te doorgronden. De ontwikkeling van nieuwe polymerasen is nodig om specifieke, gemodificeerde nucleotiden efficiënt te kunnen polymeriseren en zo de studie van de eigenschappen van hun polymeren mogelijk te maken. THE EXPLORATION OF MODIFIED NUCLEOTIDES AS A SUBSTRATE OF POLYMERASES The genetic information of all living creatures is contained in the DNA and the RNA. These are chains of four different building blocks; the nucleotides A, G, C and T/U (DNA/RNA). The enzymes that are responsible for connecting nucleotides to DNA strands are the polymerases. Nucleotides are composed of a sugar, a phosphate and a base moiety. In the past a lot of nucleotides have been modified at one of these moieties. In this thesis we tried to incorporate such unnatural nucleotides into natural DNA with the help of polymerases. This work is carried out for various purposes. First, modified nucleotides that can be incorporated into DNA or RNA by a viral polymerase, can function as antiviral agents by blocking the replication of the virus. Secondly, the recognition of modified nucleotides by polymerases can lead to the formation of polymers that differ structurally or functionally from DNA or RNA. Polymers with improved properties can be used in applications with therapeutic or diagnostic purposes. Thirdly, this work can help to elucidate the mechanism of action of polymerases.   In the second chapter of this thesis modified nucleotides are investigated as substrates for the polymerase of the hepatitis C virus. Despite the rich structural diversity of the molecules tested, none is accepted by the polymerase as a substrate. In the third chapter of this work, four nucleotide analogues with a rigid six-membered sugar ring instead of the natural, flexible five-membered sugar ring are investigated as a substrate of a family B polymerase. All four nucleotide analogues are incorporated into DNA by the polymerase.   The polymerase recognition of nucleotides with a modification in the phosphate moiety is investigated in the chapters four and five. Up to ten consecutive phosphonomethyl-threosyl adenine (PMTA) building blocks can be incorporated into DNA by Therminator polymerase. The selective degradation of the DNA allows the isolation of a PMTA polymer with a natural nucleotide at the 3′-end. This method can provide a solution for the difficult synthesis of mixed DNA constructs. The synthesis and isolation of PMTA polymers with the help of polymerases is important because they are difficult to synthesize chemically and because of their stability for which they can be used in various applications. Phosphonomethyl-deoxyribosyl nucleotide analogues (PMdNpps) are also investigated as a substrate of polymerases. Four consecutive modified nucleotides of this series can be incorporated into natural DNA. The development of a polymerase that can polymerise these building blocks specifically, is necessary to allow the study of these polymers more in detail. In chapter six we try to develop a general method for the synthesis of polymers of (modified) nucleotides with the help of polymerases. Because of the difficulties that we encounter, we investigate an alternative route for the rapid and efficient synthesis of DNA analogues in the last chapter. To allow the formation of modified DNA without the help of enzymes, (modified) nucleotides with reactive groups are synthesized. In this way the chemical incorporation of (modified) nucleotides into DNA can be investigated. Such reactions can provide a rapid, easy, cheap and clean solution to the synthesis of mixed DNA constructs. Despite the various reaction conditions tested, no incorporation can be observed.   We can conclude that a lot of information on polymerases is still missing. More enzyme studies with synthetic nucleotides are necessary to allow the elucidation of the mechanism of action of polymerases. The development of new polymerases is necessary to be able to polymerise specific, modified nucleotides efficiently into polymers to allow the study of their properties.

Choose an application

• Reference Manager
• EndNote
• RefWorks (Direct export to RefWorks)

Inleiding De afronding van het humane genoomproject luidde offcieel een nieuw tijdperk in, dat van het proteoom. Er onstond een nieuwe discipline, proteomics of de analyse van het proteoom, de verzameling van alle eiwitten in een weefsel, cel of organisme op een gegeven ogenblik en onder bepaalde fysiologische omstandigheden. Eiwitten zijn direct verantwoordelijk voor de regulatie van biochemische processen en abberante of ontregelde eiwitexpressie ligt aan de basis van vele ziekten, waaronder kanker. Kennis van kanker gerelateerde eiwitten biedt daarom niet enkel diagnostische perspectieven, het laat ons ook toe om nieuwe moleculen te ontwikkelen die specifiek interageren met de ontregelde eiwitten en zodoende de progressie van de ziekte kunnen remmen. In het lopend onderzoek van het Laboratorium voor Experimentele Oncologie bestonden twee onopgehelderde proteoom vraagstellingen. De eerste vraagstelling was of er kanker specifieke eiwitvarianten bestaan van de Vasculaire Endotheliale Groeifactor A (VEGF-A). VEGF-A speelt een belangrijke rol in de groei, uitzaaiing en resistentie van tumoren, maar is tevens cruciaal voor het onderhoud van een gezond bloedvatenstelsel. Kennis van tumorspecifieke VEGF-A varianten zou mogelijks toelaten om de therapeutische index van anti-VEGF-A therapieën te verbeteren. Een tweede vraagstelling was of Gastrointestinale Stromale Tumoren (GISTs) die snel resistentie ontwikkelen tegen Imatinib systematisch andere eiwitten tot expressie brengen in vergelijking met GISTs waarbij Imatinib resistentie eerder zeldzaam voor komt. Methodologie De belangrijkste uitdagingen voor proteomics zijn de bijzondere proteoomcomplexiteit, de relatief lage eiwit expressieniveaus en de immense inter en intra- individu variabiliteit. Daardoor is er in eerste instantie nood aan een gevoelige en reproduceerbare methodologie, geschikt voor een relatief grote staaldoorvoer. Wij besloten om de bruikbaarheid van ProteinChip technologie voor de studie van bovenvermelde proteomics vraagstellingen na te gaan. ProteinChip technologie maakt gebruik van retentiechromatografische arrays voor het weerhouden van subgroepen van eiwitten uit complexe stalen zoals lichaamsvloeistoffen of weefselextracten. Deze eiwitten worden vervolgens massapectrometrisch geanalyseerd door middel van Surface Enhanced Laser Desorption/ Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (SELDI TOF MS). Resultaten De hoogmoleculaire gewichts varianten van VEGF-A konden geassocieerd worden met verschillende maligniteiten, terwijl de laag moleculaire VEGF-A varianten eerder algemeen bleken voor te komen, ook in normale fysiologische omstandigheden. Een vergelijkende proteoomanalyse bij GISTs wees uit dat 21 SELDI pieken statistisch significant verschilde in intensiteit tussen een groep GISTs met hoge waarschijnlijkheid op Imatinib resistentie en een groep GISTs met laag risico op resistentie ontwikkeling. Een multivariaat statistische analyse wees bovendien uit dat 14 extra SELDI pieken verdere aandacht verdienden. In totaal werden 40 eiwitten geïdentificeerd en de differentiële expressie van een selectie van drie van deze eiwitten kon bevestigd worden door middel van western blot analyse: het 40 kDa ATP-ase domein van Hitte Shock Proteïne 70 (HSP70), Cu/Zn Superoxide. Conclusies en discussie De therapeutische index van anti-VEGF-A therapiën zou mogelijks kunnen verbeterd worden door specifieke inhibitie van de tumor gerelateerde hoog moleculaire gewichts varianten van VEGF-A. Onze gegevens wijzen erop dat de laag moleculaire gewichtsvarianten van VEGF-A een belangrijke rol spelen in normale fysiologie en dus bijgevolg best onaangeroerd blijven om nevenwerkingen te minimaliseren. Stress gerelateerde eiwitten zouden een belangrijke rol kunnen spelen in de ontwikkeling van Imatinib resistentie bij GISTs. Deze eiwitten staan onder centrale controle van de Hitte Shock Factor 1 (HSF1), een eiwit waartegen reeds inhibitoren beschikbaar zijn, hetgeen nieuwe therapeutische perspectieven biedt voor de behandeling van Imatinib resistente GISTs. Ook de inhibitie van de signaaltransductie via de eiwitten 14-3-3 zeta en Calmodulin biedt mogelijks nieuwe therapeutische perspectieven. ProteinChip technologie is zeer geschikt gebleken voor zowel de gerichte analyse van eiwitten als voor de differentiële proteoomanalyse tussen verschillende patiëntengroepen. Introduction The completion of the human genome project officially introduced the era of the proteome. The new discipline of proteomics was born, which refers to the analysis of the proteome or the collection of all proteins that are expressed in a tissue, cell or organism at a given point in time and under certain physiological conditions. Proteins are directly involved in the regulation of biochemical processes and aberrant or deregulated protein expression is related with many diseases, including cancer. Knowledge of cancer related proteins not only offers diagnostic perspectives, but also allows development of new molecules which specifically interact with the deregulated proteins and are thereby able to inhibit cancer progression. Two unanswered proteomic questions existed at the Laboratory of Experimental Oncology. The first question was whether cancer specific variants of the Vascular Endothelial Growth Factor A (VEGF-A) exist. VEGF-A plays an important role in tumor growth, metastasis and resistance, but is also crucial for the maintenance a healthy vascular system. Knowledge of tumor specific VEGF-A variants might enable us to increase the therapeutic index of anti-VEGF-A therapies. A second proteomic question was whether Gastrointestinal Stromal Tumors (GISTs) that easily develop resistance to treatment with Imatinib express different proteins than GISTs that rarely develop such resistance.  Methods The most important challenges for proteomics are the high complexity of the proteome, the relatively low protein expression levels and the enormous inter and intra individual variability. The most important requirement for proteomic analysis is therefore a sensitive and reproducible method that enables a relatively high sample throughput. We decided to investigate the usefulness of ProteinChip technology for the study of the proteomic questions mentioned above. ProteinChip technology is based on the principle of retention chromatography for the fractionation of proteins from complex samples such as body fluids or tissue extracts. These proteins are subsequently analysed with Surface Enhanced Laser Desorption/ Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (SELDI TOF MS). Results The high molecular weight varieties of VEGF-A were associated with different types of malignancies, while the low molecular weight VEGF-A varieties rather seemed common and were also observed in normal physiological conditions. A comparative proteomic analysis of GISTs pointed out to 21 SELDI peaks that were statistically significantly differentially expressed between a group of GISTs with a high risk for development of Imatinib resistance and a group with a low risk for development of such resistance. Multivariate analysis further pointed out to 14 additional interesting SELDI peaks. In total, forty proteins were identified and the differential expression pattern of a selection of three of these proteins could be confirmed with western blot analysis: the 40 kDa ATP-ase domain of Heat Shock Protein 70 (HSP70), Cu/Zn Superoxide Dismuatase (SOD1) and Protein 14-3-3 Zeta. Conclusions and discussion The therapeutic index of anti-VEGF-A therapies might be improved by specific inhibition of tumor associated high molecular weight VEGF-A varieties. Our data indicate that the low molecular weight varieties of VEGF-A play an important role in normal physiology and should therefore be spared by anti-VEGF-A therapies to minimize the risk of adverse effects. Stress related proteins might play an important role in the development of Imatinib resistance of GISTs. The fact that these proteins are regulated by one and the same factor, the Heat Shock Factor 1 (HSF1), offers interesting perspectives for the treatment of Imatinib resistant GISTs, especially because inhibitors of HSF1 already exist. In addition, the inhibition of signal transduction pathways controlled by 14-3-3 zeta and Calmodulin also seems promising. ProteinChip technology has showed to be suitable for both the targeted analysis of proteins as for the analysis of differential protein expression between different groups of patients. Het genoom of de verzameling van alle genen van een organisme bevat de informatie over hoe alle eiwitten van dat organisme dienen opgebouwd te worden. Het genoom kan men dus beschouwen als het receptenboek van het leven. Onze genen op zich vervullen echter geen enkele functie. De eiwitten beschreven in onze genen daarentegen zorgen voor structuur en biologische activiteit en maken ons uiteindelijk tot wat we zijn. Het doctoraatsonderzoek beschreven in deze thesis startte ongeveer tegelijkertijd met de afronding van het humane genoomproject, waarbij alle menselijke genen werden in kaart gebracht. Deze gebeurtenis staat bekend als een belangrijke mijlpaal in de biomedische geschiedenis, omdat de kennis van het genoom een nodige voorwaarde is om functionele genoomanalyse te kunnen verrichten. Functionele genoomanalyse betekent de studie van de genen die betrokken zijn in biologische en biomedische processen. Door middel van functionele genoomanalyse kunnen we nieuwe inzichten verwerven in onopgeheldere ziekteprocessen zoals kanker. Het proteoom of de verzameling van alle eiwitten van een organisme is als eindprodukt van het genoom het studieonderwerp bij uitstek om inzichten te verwerven in het functionele deel van het genoom. De ontrafeling van het proteoom vereist echter inzet van zogenaamde “state-of-the-art” analytische technieken, die de afgelopen jaren slechts met mondjesmaat ter beschikking zijn gekomen van de wetenschap. Het doel van dit doctoraatsproject was de bruikbaarheid na te gaan van ProteinChip technologie voor de studie van het proteoom van humane tumoren. Daarbij werden verschillende methoden ontwikkeld voor zowel gerichte als “blinde” analyses van eiwitten in tumorweefsels. Deze methoden bleken achteraf ook nuttig te zijn voor de studie van andere biomedische vraagstellingen buiten het domein van de oncologie (bv. ziekte van Alzheimer, endometriose, ...). The genome, or the collection of all genes of an organism contains the information that is required to build all proteins of this organism. The genome may therefore be regarded as the book of recipes of life. Genes do not have any function of their own. The proteins that are encoded by the genome provide structure and are biologically active. The doctoral research described in this thesis started almost simultaneously with the completion of the human genome project, in which all human genes were mapped. This event is regarded as an important milestone in the history of biomedical sciences, because it enables functional genome studies. Functional genome analysis refers to the study of the genes that are involved in biological and biomedical processes. Functional genome analysis enables us to generate new insights into disease processes such as cancer. The proteome or collection of all proteins of an organism is the most appealing subject for functional genome analysis, because it is the end product of the genome. Proteomics refers to the study of the proteome and is by many considered as the most important research strategy in the post-genomic era. Proteomics requires a different approach than genome analysis and above all the use of state-of-the-art technologies such as mass spectrometry. In this doctoral research project, the usefulness of ProteinChip technology was explored for applications in the laboratory of experimental oncology. Several methods were developed for both targeted and blind analysis of proteins in tumor tissues. These methods have already showed to be useful to generate new insights in the molecular biology of cancer and for the development of novel diagnostic tests. ProteinChip technology has also been used successfully to generate new insights in other diseases such as Alzheimer disease and Endometriosis. 

Academic collection --- Theses