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Les populations de lions d’Afrique, Panthera leo leo, ont décliné de manière importante ces dernières décennies. Les menaces telles que la dégradation de l’habitat et les conflits homme-lion, toujours grandissantes, auxquelles le lion d’Afrique fait face même dans les aires protégées, impactent le flux génique existant naturellement entre les populations de lions. Ceci conduit en principe à un épuisement progressif de la diversité génétique au sein des populations, fragilisant potentiellement les populations, et menaçant la survie de l’espèce sur le long terme. La Tanzanie abrite la population de lions la plus importante d’Afrique et présente ainsi un intérêt tout particulier pour la mise en place de stratégies de conservation adaptées afin de contribuer à la protection de l’espèce.
Les analyses de la présente étude ont été réalisées sur base de deux marqueurs moléculaires, à savoir 11 microsatellites et 9 184 SNPs, et d’un échantillonnage de 104 lions issus de 6 pays d’Afrique, dont 74 provenaient de Tanzanie.
Le principal objectif de cette étude a été d’étudier la diversité génétique des individus de Tanzanie afin d’évaluer leur degré de différenciation et de quantifier le risque de consanguinité au sein des populations fragmentées. Les analyses statistiques basées sur les SNPs ont permis de mettre en évidence trois populations bien distinctes au sein de la Tanzanie : une au Nord, une à l’Ouest et une au Sud-Est. Par ailleurs, ces populations tanzaniennes présentent une bonne diversité génétique et le risque de consanguinité n’apparaît pas important sur base des microsatellites ; les valeurs de FIS obtenues sur base des SNPs sont importantes mais difficilement interprétables étant donné l’absence de données de références pour les félins en général et pour les lions en particulier.
Le second objectif de notre étude a été de préciser le statut taxonomique des populations de lions à l’échelle de l’Afrique. Les résultats obtenus confirment la présence de deux lignées génétiquement différentes, à savoir une lignée Ouest/Centre et une lignée Est/Sud, déjà mises en évidence lors d’études antérieures. Cette distinction confirme que le statut taxonomique de Panthera leo leo serait à revoir et que les deux lignées, nettement différenciées, devraient constituer des unités de gestion distinctes en ce qui concerne leur conservation.
Enfin, cette étude a permis la comparaison des deux marqueurs moléculaires utilisés. Sur base des résultats obtenus, les marqueurs SNPs semblent être beaucoup plus fins que les microsatellites en ce qui concerne l’étude de la structure génétique du lion.

Panthera leo --- African lion --- microsatellites --- SNP --- Single Nucleotide Polymorphism --- conservation genetics --- Big Cat --- African mammals --- Panthera leo --- lion africain --- microsatellites --- SNP --- Polymorphisme Nucleotidique --- Génétique de la Conservation --- Mammifères africains --- Sciences du vivant > Sciences de l'environnement & écologie --- Sciences du vivant > Génétique & processus génétiques

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L’invasion biologique constitue une des menaces les plus importantes pour la conservation de la biodiversité. En effet, certaines espèces introduites hors de leur aire d’origine peuvent devenir invasives et provoquer de nombreux impacts négatifs pour l’écosystème comme le déclin ou l’extinction d’espèces autochtones. Notre étude a été effectuée sur le vison d’Amérique (Neovison vison) qui est devenu une espèce invasive à l’intérieur de son aire d’origine et hors de celle-ci. L’étude s’est donc portée sur les populations canadiennes d’Ontario et celles du nord-ouest et sud de la France. Les objectifs de cette étude étaient de cerner la structure et la diversité génétique des populations échantillonnées ainsi que comprendre les origines et les relations pouvant exister entre les populations et les sous-populations.
Pour ce faire, l’analyse s’est réalisée sur 332 échantillons français dont 109 provenant de trois visonnières et 136 échantillons canadiens dont 4 sauvages. L’étude globale des échantillons et l’étude sur la population française ont été basées sur l’analyse de 12 microsatellites et de 16 microsatellites pour les animaux canadiens. Une analyse au niveau du système immunitaire du gène DRB du CMH-II a été effectuée sur 79 échantillons français et canadiens.
Nos résultats ont indiqué une grande proximité génétique entre les animaux français et canadiens. De manière surprenante, la diversité allélique apparaît plus importante pour les animaux français. Les animaux bretons se démarquent des régions du sud de la France avec une hétérogénéité génétique moins importante. De plus, nos résultats sur les marqueurs neutres et non neutres indiquent que les populations férales de vison en France sont en bonne santé génétique et que cette espèce risque de s’étendre encore plus sur le territoire français. Le développement de plans d’action plus efficace pour les populations de vison d’Amérique est donc important pour la conservation de la biodiversité française, notamment, dans le sud-ouest de la France où l’une des trois dernières populations de vison d’Europe (Mustela lutreola) survit, et sur les îles abritant des colonies importantes d’oiseaux marins.

Invasive alien species --- Neovison vison --- American mink --- France --- Microsatellites --- MHC class II --- Espèces invasives --- Neovison vison --- Vison d'Amérique --- France --- Microsatellites --- CMH type II --- Sciences du vivant > Génétique & processus génétiques

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Résumé
Le castor européen (Castor fiber) frôla la disparition à la fin du XIXème siècle sous l’influence de fortes pressions anthropiques. Il ne subsistait alors que dans quelques zones refuges, comme le long de l’Elbe en Allemagne ou dans la Basse Vallée du Rhône en France. Un peu plus d’un siècle plus tard, il est de retour dans nos contrées, grâce à des mesures de gestion et des opérations de réintroduction à l’échelle européenne. Actuellement, les populations de castor européen se distribuent de manière discontinue de l’Europe de l’Ouest au Nord-Est de la Mongolie et l’espèce se porte bien.

Même si tous les pays européens ayant décidé de réintroduire le castor ont mis en place des unités de suivi du castor pour éviter tout conflit d’intérêt entre les castors et l’Homme, les méthodologies de gestion visant la préservation et l’expansion de l’espèce ont varié selon les pays.
Dans le cadre de ce travail, nous avons étudié des castors européens provenant principalement de France et de Wallonie et dans une moindre mesure des castors provenant d'Allemagne et du Grand-Duché de Luxembourg. L’objectif principal était de cerner la structure et la diversité génétique des populations échantillonnées ainsi que de comprendre les origines de cette structuration en la reliant aux opérations de réintroduction récentes dans ces régions. A cette fin, deux marqueurs moléculaires ont été utilisés: la séquence de la région contrôle de l'ADN mitochondrial et un panel de 14 marqueurs microsatellites autosomaux. L'analyse a porté sur 157 individus en tout. 
Nos résultats ont permis de trouver que trois sous-espèces, parmi les six proposées par Durka et al., 2005 participent à la répartition actuelle des castors dans la région étudiée (Grande Région et France). Il s’agit de Castor fiber galliae, Castor fiber albicus et Castor fiber fiber. Une forte dominance de la sous-espèce Castor fiber galliae a pu être mise en évidence sur le territoire français.
Une quatrième sous-espèce, correspondant à un haplotype intermédaire entre Castor fiber galliae et Castor fiber albicus a également été identifié lors de cette étude.
Les analyses de structure et les indices de diversité tendent à prouver la fragilité de la population française par rapport à celle de la Grande Région qui présente une « bonne santé génétique ». Ainsi, la richesse allélique apparaît plus importante pour les animaux de la Grande Région, alors que animaux français se démarquent des régions limitrophes par une variabilité génétique moins importante. 
Les mesures de gestion futures devraient tenir compte de la vulnérabilité de la population française afin d’éviter une perte supplémentaire de diversité génétique, essentielle à la sauvegarde à long terme de cette espèce en France
A l’échelle de la Grande Région, il s’agirait de trouver un intermédiaire de gestion qui permet d'éviter à la fois les effets délétères de la consanguinité et la dépression hybride par mélange génétique d'individus appartenant à des lignées différentes.

Castor européen, Biologie de la Consevation, Phylogéographie, ADN mitochondrial, analyse de structure, cluster, microsatellites, haplotype --- Sciences du vivant > Sciences de l'environnement & écologie

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Le Takahē (Porphyrio hochstetteri) est une espèce d’oiseaux menacé endémique de Nouvelle -Zélande qui ne peut pas voler. Autrefois pensé éteinte (1930), elle fait aujourd’hui parti d’un programme de conservation. Ce programme prend à compte de nombreux secteurs dont le suivi des maladies infectieuses. Les coccidies chez les takahēs (Eimeria sp) ont été observer pour la première fois dans les années 80 et sont encore aujourd’hui très peu connu. Megan Jolly est la première à l’avoir décrite en 2018 par le biais des oocystes sporulés. Ainsi on connait peu de choses quant à la relation hôte-parasite. L’analyse du suivi coprologique durant 6 mois a permit de déterminer qu’il y a une diminution du nombre d’oocyste par gramme (opg) de l’été à l’hiver. Les tests ont aussi révélé qu’il y avait un taux de parasitisme plus fort chez les femelles et au stade de juvénile, respectivement par rapport au individus mâle et les deux autres classes d’âge (subadulte et adulte). Les comparaisons des différents enclos ainsi que l’origine d’éclosion n’ont pas donné de résultats significatifs. Puis le suivi journalier réaliser sur 35 jours a permis de constater que la ponte des oocystes par les coccidies dans les fèces ne suit aucune tendance (pas de cycle). Puis, en vue de l’intégrer au protocole de gestion des coccidioses, un complément alimentaire anticoccidien a été testé mais celui-ci ne s’est pas révélé efficace.

Conservation Takahé Parasite Coccidie Eimeria.sp --- Sciences du vivant > Sciences de l'environnement & écologie

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Le chat forestier (Felis silvestris), après avoir subi un important déclin au 19ème siècle, semble être actuellement en expansion dans certains pays. L'espèce reste toutefois vulnérable à plusieurs menaces liées à l'activité humaine. En effet, l'omniprésence de l'homme dans le paysage européen provoque une perte et une fragmentation de l'habitat du chat forestier, isolant ainsi des noyaux de population où la diversité génétique finira par diminuer. Cette proximité accrue avec les constructions anthropiques engendre un second problème : l'hybridation avec le chat domestique (Felis catus). Dans cette étude, nous cherchions à approfondir les connaissances concernant l'ampleur de ces menaces dans deux pays : la Belgique (Wallonie) et le Luxembourg. Pour ce faire, nous avons récolté des échantillons de poils grâce à des pièges à poils enduits de teinture de valériane. Ceux-ci ont ensuite été analysés à l'aide de la méthode SNP. Nous avons utilisé 96 SNPs sélectionnés spécifiquement pour le chat forestier et pour ce type d'analyse. Un des objectifs principaux était de vérifier la présence d'hybrides. Nous avons calculé un taux d'hybridation de 6% (N = 63) en Wallonie (principalement la province de Liège) et de 8% (N = 117) au Luxembourg. Ces taux relativement bas concordent avec les résultats de récentes études sur le sujet dans l'ouest de l'Europe. Nous avons également mis en évidence l'existence de deux groupes génétiques distincts au sein des chats forestiers dont nous ne connaissons pas encore l'origine. La faible différentiation génétique (DJost = 0.005) entre ces groupes nous incite à penser qu’ils appartiennent effectivement à une même grande population d'Europe centrale occidentale. En analysant les coefficients de consanguinité, nous avons constaté un risque de dépression de consanguinité plus élevé en Wallonie (FIS = 0.32) qu'au Luxembourg (FIS = 0.07). Il convient de rester prudent quant à l'interprétation de ces résultats car les méthodes d'échantillonnage diffèrent dans les deux pays. Nous n'excluons pas la possibilité d'un biais d'échantillonnage en Wallonie. Le second objectif principal, centré sur le Luxembourg, consistait à identifier les éléments du paysage qui impactaient la connectivité des chats forestiers par une approche de génétique du paysage. Nous avons observé que les forêts et zones agricoles jouaient un rôle de corridor, tandis que les autoroutes et zones urbaines agissaient étaient des obstacles au flux génétique de l'espèce. The European wildcat (Felis silvestris), after having suffered a significant decline in the 19th century, seems to be currently expanding in some countries. However, the species remains vulnerable to several threats related to human activity. Indeed, the omnipresence of man in the European landscape is causing a loss and fragmentation of the European wildcat's habitat, thus isolating small populations where genetic diversity will eventually decrease. This increased proximity to man-made constructions creates a second problem: hybridization with the domestic cat (Felis catus). In this study, we wanted to improve our knowledge of the extent of these threats in two countries: Belgium (Wallonia) and Luxembourg. To do so, we collected hair samples using hair traps coated with valerian dye. These were then analysed using the SNP method. We used 96 SNPs selected specifically for the European wildcat and for this type of analysis. One of the main objectives was to check the presence of hybrids. We calculated a hybridization rate of 6% (N = 63) in Wallonia (mainly the province of Liège) and 8% (N = 117) in Luxembourg. These relatively low rates are in line with the results of recent studies on the subject in Western Europe. We have also highlighted the existence of two distinct genetic groups in European wildcats. However, we don’t know their origin yet. The low genetic differentiation (DJost = 0.005) between these groups leads us to believe that they do indeed belong to the same large population in Western Central Europe. By analysing the inbreeding coefficients, we found a higher risk of inbreeding depression in Wallonia (FIS = 0.32) than in Luxembourg (FIS = 0.07). We must be careful when interpreting these results as the sampling methods differ in the two countries. We do not exclude the possibility of sampling bias in Wallonia. The second main objective, focusing on Luxembourg, was to identify landscape elements that impacted European wildcat connectivity using a landscape genetics approach. We observed that forests and agricultural areas acted as corridors, while motorways and urban areas acted as barriers to the gene flow of the species.

felis silvestris --- snp --- hybridization --- landscape fragmentation --- landscape genetics --- conservation genetics --- Sciences du vivant > Génétique & processus génétiques