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La Phanérogame marine Posidonia oceanica (L.) Delile est une plante sous-marine endémique de la Méditerranée. Elle forme d’importants herbiers mono-spécifiques qui remplissent de très nombreux services écologiques essentiels à l’écosystème méditerranéen.Ces herbiers sont cependant menacés. En effet, ils sont particulièrement vulnérables aux perturbations anthropiques de leur milieu ainsi qu’au réchauffement climatique et certains
experts n’excluent pas leur disparition totale en 2100. Ce travail a pour objectif d’étudier l’évolution spatiale et temporelle d’un herbier de posidonies dans la Baie de la Revelatta (Calvi, Corse) en 1993, 2018 et 2019 afin d’évaluer l’état global de cet écosystème. Pour ce faire, la densité a été relevée in situ. Des faisceaux entiers avec leur rhizome ont été prélevés au niveau de 72 stations en 1993 et 14 stations en 2018. En 2019, les échantillons ont été obtenus grâce à la méthode « Non Destructive Shoot Method » au niveau de 82 stations. Ces sites se situent entre 6 et 35 m de profondeur dans une zone de 100 x 400 m. La biométrie des faisceaux a ensuite été effectuée en laboratoire. Les résultats ont été cartographiés grâce au programme « Data-Interpolating Variational Analysis » permettant l’interpolation spatiale des données. Différentes évolutions de l’herbier ont alors été mises en évidence. L’augmentation significative entre 1993 et 2019 de la densité, de l’indice foliaire, de la biomasse foliaire et des épiphytes ainsi que le rapport des biomasses et le pourcentage de broutage sont les changements les plus importants. En revanche, à l’exception de la longueur maximale des feuilles, aucune différence significative n’a été relevée entre 2018 et 2019. Cette augmentation sur le long terme de la densité et de la biomasse est indicatrice d’une eau de bonne qualité, permettant le développement de l’herbier. De plus, l’augmentation des températures moyennes annuelles et un accroissement des concentrations en nutriments de la colonne d’eau ont pu favoriser la croissance de la plante dans cette partie de la Méditerranée. Cependant, cet enrichissement en nutriment a également pour conséquence la hausse du développement de la biomasse des épiphytes. Les herbiers de posidonies sont des écosystèmes très dynamiques ; connaissant des
variations inter annuelles parfois importantes. Il est donc nécessaire pour valider ces résultats et les hypothèses les expliquant d’effectuer un suivi régulier et si possible saisonnier des différentes stations échantillonnées.

Posidonia oceanica --- herbier --- Evolution spatiale --- Evolution temporelle --- phanérogame --- Corse --- Biométrie --- Densité --- Surface foliaire --- Indice foliaire --- coefficient A --- Biomasse --- Sciences du vivant > Sciences aquatiques & océanologie

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Dans ce travail, nous avons mis en évidence les principales lésions et causes de mortalité des 
cétacés échoués le long du littoral nord français entre 1995 et 2020. Pour illustrer les causes de 
mortalité des cétacés, le marsouin commun (Phocoena phocoena) a été utilisé comme animal 
de référence. Des autopsies ont été réalisées et des échantillons d’organes ont été prélevés sur 
les cadavres selon un protocole standard. Etant donné que la baie sud de la mer du Nord étudiée 
est une région à forte pression anthropique, les observations post-mortem les plus fréquentes 
comprenaient les marques de filet, les contusions sous-cutanées et musculaires, l’émaciation, 
le parasitisme respiratoire (voies respiratoires et vaisseaux sanguins) et gastrique, la pneumonie 
aigüe, la congestion et les œdèmes pulmonaires. Les deux principales causes de mortalité furent 
les captures accidentelles dans les filets de pêche (40,5%) et les processus infectieux (40%), 
suivis par l’émaciation (9,7%) et la prédation par le phoque gris (Halichoerus grypus) (5,4%). 
La distribution annuelle des échouages est très hétérogène. Les captures ont été majoritairement 
observées en mars et avril sur les individus échoués et leur incidence semble avoir clairement 
augmenté. Les processus infectieux, déduis dans la plupart des cas d’une pneumonie aigüe 
associée à une infestation parasitaire sévère, apparaissent toute l’année. De nouvelles causes de 
mortalité ont pu être mises en lumière, notamment l’émaciation seule et la prédation par le 
phoque gris. Globalement, on assiste à une augmentation des échouages observée depuis ces 
deux dernières décennies, qui peut s’expliquer par le déplacement à grande échelle de la
population de marsouins communs depuis la partie nord jusqu’à la baie sud de la mer du Nord. 
Cette augmentation est également fortement influencée par d’autres facteurs tels que 
l’augmentation des captures accidentelles, le manque de nourriture provoquant l’émaciation des 
espèces et les attaques émergentes des phoques gris. La part des activités humaines a donc été 
une source de mortalité majoritaire dans notre large échantillon. Dans la même lignée, ces 
activités anthropiques de plus en plus fréquentes et plus ou moins proches des mammifères 
marins apportent une problématique lorsque l’on considère le potentiel zoonotique de la 
brucellose, qui touche aujourd’hui environ 12% des mammifères marins échoués dans le Nord 
de la France. Dans ce rapport, et afin d’en savoir plus sur Brucella spp., nous avons testé 
plusieurs animaux afin de connaître son incidence ces cinq dernières années. Son mode de 
transmission étant encore hypothétique, nous nous sommes penchés sur la présence de la 
bactérie dans les parasites respiratoires d’individus échoués afin de démontrer leur potentiel 
rôle dans la transmission de la maladie. Ceci nous a permis de constater que nous pouvons 
désormais penser à une place prépondérante des parasites dans le cycle de vie de Brucella spp..

échouages --- cétacés --- Brucella --- Sciences du vivant > Sciences aquatiques & océanologie

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Les causes de mortalité des mammifères marins sont étudiées et évaluées par plusieurs 
organismes en mer du Nord. Cette étude se concentre sur la prédation du phoque gris sur le 
marsouin commun et sur le phoque commun. Une analyse des causes de mortalité durant 10 
ans est réalisée. Des variations annuelles et mensuelles sont mises en évidence. Lors de la 
comparaison de ces résultats avec la littérature, on observe une variation de ces causes dans le 
temps. Les résultats mensuels démontrent eux une augmentation d’échouage en hiver.
Lors de ce travail, de nouvelles techniques de détection d’ADN ont été développées afin 
d’évaluer de façon plus efficace la prédation du phoque gris sur le marsouin commun et sur le 
phoque commun. D’anciens échantillons ont été analysés avec ces techniques ; il en ressort une
étude plus robuste. Grâce à cela, la preuve ADN de la prédation du phoque gris sur le phoque 
commun a été démontrée.
Cette étude met également en évidence la nécessité d'avoir des protocoles uniformisés d'un pays 
à l'autre devant s’appliquer lors de chaque échouage. L'importance de réaliser des autopsies 
pour connaître la cause de la mort est aussi avancée.

Sciences du vivant > Sciences aquatiques & océanologie

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Mer semi-fermée aux côtes affectées par une urbanisation grandissante, la Méditerranée est le réceptacle de nombreux polluants anthropiques. Parmi ceux-ci figurent les éléments traces (ET) et les microplastiques (MP), deux types de contaminants dont les sédiments représentent le compartiment d’accumulation privilégié. Tous deux peuvent pénétrer dans le corps des organismes marins et s’y accumuler, engendrant de nombreux désordres en leur sein lorsqu’ils sont présents en surabondance. 
L’impact potentiel de ces contaminants et leur affinité pour les sédiments illustrent l’importance du développement d’outils de surveillance de la qualité de ces derniers, tels que les organismes bioindicateurs. De par leur association avec les sédiments et leur régime détritivore, les holothuries suscitent l’intérêt des chercheurs pour le monitoring de ce compartiment de l’environnement. Cependant, avant de les utiliser à cette fin, il reste nécessaire de mieux cerner la relation qu’elles entretiennent avec ces contaminants.
Plusieurs spécimens d’Holothuria tubulosa et Holothuria polii ont donc été collectés lors de trois périodes distinctes sur trois sites de la Baie de Calvi afin de mesurer la concentration en ET de leurs organes dans le but d’étudier les facteurs influant sur ces concentrations. En parallèle, le contenu en MP du tube digestif des holothuries présentes sur chaque site a été comparé.
Les mesures effectuées confirment que l’organe est le facteur influant le plus sur les concentrations en ET. De plus, chaque organe se caractérise par une sensibilité différente aux sources de variabilité étudiées. Ainsi, la paroi du corps présente des concentrations minimales et homogènes en ET dans les deux espèces tout au long de l’année et ne reflète aucune différence entre les sites de collecte. A l’inverse, le système hémal enregistre les concentrations les plus élevées, supérieures au sein d’H. polii, avec une accumulation plus forte au niveau de la ferme aquacole de la baie de Calvi qu’à l’émissaire des eaux usées ou à proximité de STARESO, deux sites aux concentrations semblables. Les muscles mêlés au système ambulacraire enregistrent eux des variations périodiques de concentrations, maximales en période estivale. Enfin, la teneur en ET dans les arbres respiratoires ne varie qu’en fonction de l’espèce, avec des valeurs maximales pour H. polii. Ces observations montrent qu’en cas d’utilisation de ces organismes comme bioindicateurs, il sera crucial de choisir l’organe dont la sensibilité reflète au mieux les différences de contamination à mettre en évidence, que ce soit d’un point de vue spatial ou temporel. 
La majorité des nombreux déchets plastiques extraits du tube digestif des holothuries appartient à la catégorie des MP, avec une large dominance de fibres et de filaments. Les holothuries collectées au niveau de la ferme aquacole ingèrent plus d’items, tandis que celles résidant à l’émissaire se démarquent par l’ingestion de gommes et de fragments de plastiques, ainsi que par une taille des déchets ingérés supérieure. Ces résultats confirment la propension des holothuries à ingérer de nombreux débris plastiques d’une manière qui reflète le degré d’anthropisation de leur habitat, mais aussi leur potentiel comme bioindicateurs de la pollution plastique des sédiments. As a semi-enclosed sea affected by a growing coastal urbanization, the Mediterranean is the recipient of numerous anthropic pollutants. These include trace elements (TE) and microplastics (MP), two different types of contaminants who share a common affinity for sediments. Both of them can enter and accumulate in marine organisms, causing metabolic disorders when present in excessive amounts.
The potential impact of these two types of contaminants combined with their association with sediments highlight the importance of developing accurate tools of surveillance for this compartment of the marine environment, such as bioindicator species. Due to their proximity with sediments and to their feeding mode relying on detritus, sea cucumbers have been raising the interest of scientists for the monitoring of marine sediments. However, to be able to make use of the bioindicator qualities of these animal, it is crucial to better understand their relationship with the two contaminants mentioned.
Therefore, several specimens of Holothuria tubulosa and Holothuria polii were collected during three periods of the year at three locations in the Bay of Calvi to measure the concentration in TE of their organs, with the aim of identifying the factors influencing these concentrations. In the meantime, the microplastic stomachal content of the sea cucumbers collected on the different sites was compared. 
This work confirms that the organ chosen for the TE analysis is the main factor influencing their concentrations. Moreover, every organ displays a different sensitivity to the sources of variability considered. Thus, the bodywall of sea cucumbers displays the lowest TE concentrations, which are homogenous between species at any time of the year and for each sampling site. On the opposite, these concentrations are the highest in the haemal system, especially in H. polii, particularly at the fish farm compared to the sewage system exit or to the STARESO station. Muscles mixed with the water vascular system record periodic variations in TE concentrations, with the highest values in summer. Finally, the concentrations measured in the respiratory trees only differ according to species, with the highest values in H. polii. In future studies using these animals as bioindicators, it will be crucial to select the organ whose sensitivity reflects best the difference in contamination that has to be highlighted, either from a temporal or from a spatial perspective. 
The majority of the numerous plastic debris extracted from sea cucumbers guts belonged to the class of MP, with a large dominance of fibers and filaments. Individuals collected near the fish farm ingest more plastic items, whereas those living near the exit of the sewage systems stand out from the ingestion of rubbers and fragments, as well as from a higher mean length of the ingested items. These results confirm the tendency of sea cucumbers to ingest numerous plastic debris in a way that reflects the degree of human pressure on their habitat as well as the potential of sea cucumbers as bioindicators of plastic pollution in sediments.

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