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Cet aide-mémoire en couleur présente sous une forme visuelle l'essentiel des notions essentielles de la biologie végétale (biologie cellulaire, croissance, développement, nutrition, métabolisme, écologie et classification phylogénétique) à connaître en vue des examens et concours. Plus de 500 schémas et photos regroupés par thème et sous la forme de fiches sont commentés pour réviser d'un seul coup d'oeil ! L'image a volontairement été privilégiée, le texte d'accompagnement résumant les idées essentielles.
Botany --- Biologie végétale. --- Textsbook --- Textsbook. --- Botany.
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La transition florale est une étape déterminante du cycle de vie des angiospermes car elle doit se produire au moment optimal pour garantir le succès reproducteur. Ainsi, cette transition florale est médiée par des facteurs externes, tels que la température ou la photopériode, et des facteurs endogènes, tels que les hormones. En réponse à ces facteurs, des gènes intégrateurs vont initier la transition de la phase végétative à la phase reproductive en activant les gènes de floraison au méristème apical de tige (Shoot Apical Meristem, SAM). Parmi ces gènes, FLOWERING LOCUS T (FT) joue un rôle central dans la promotion de la floraison, en activant notamment les gènes d’identité floraux LEAFY (LFY) et APETALA1 (AP1). Chez la Brassicaceae Arabidopsis, la transition florale transforme le SAM végétatif en « méristème inflorescenciel », qui a la particularité de rester indéterminé tout en formant à sa périphérie des méristèmes floraux déterminés. Le maintien de l’inflorescence est assuré par l’activité du gène TERMINAL FLOWER 1 (TFL1) dont le rôle est de réprimer l’activation des gènes de la floraison. Les gènes FT et TFL1 ont donc des fonctions antagonistes dans la transition florale. De façon remarquable, ces deux protéines partagent une grande similarité, tant au niveau de leur séquence peptidique, de leur structure tridimensionnelle, que de leur mécanisme d’action en étant co-activateur (FT) et co-represseur (TFL1) d’un complexe formé des protéines FD et 14-3-3. L’explication de l’antagonisme entre FT et TFL1 réside donc dans leur interaction avec des partenaires encore inconnus. Le projet « Floros » s’intéresse à explorer la relation entre le métabolisme des ROS, dont l’implication dans des mécanismes développementaux ne cesse d’être démontré, en modèle animal comme en modèle végétal, et la transition floral au SAM. Une première partie de ce travail a été dédié à la coloration des ROS dans des apex de plantes ayant reçu un traitement inducteur de floraison et de plantes végétatives. Dans une deuxième partie, nous avons caractérisé l’effet de la perte-de-fonction de la CATALASE2 (CAT2), une enzyme dégradant le peroxyde d’hydrogène H2O2, sur le phénotype du surexpresseur 35S:TFL1. Nous avons constaté que cette mutation avait un effet suppresseur du phénotype 35S :TFL1, suggérant un lien fonctionnel entre CAT2 et TFL1. Enfin, nous avons générés, par la technologie du Modular Cloning, des constructions génétiques visant à perturber l’homéostasie des ROS dans les primordiums floraux.
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Les racines fines sont des éléments clés dans la nutrition des arbres, dans un contexte général d’écosystèmes forestiers appauvris. La litière souterraine contient en effet des nutriments qui vont, lors de sa dégradation physique et chimique, être libérés dans le sol. Cependant, ce compartiment est encore peu étudié pour l’ensemble des nutriments autres que C et N. L’expérience a été réalisée dans la hêtraie (Fagus sylvatica) de Montiers-sur-Saulx (Meuse, France). Des sachets de racines fines (< 2mm) de mailles de 1mm ont été enterrés à 5 et 15cm de profondeur dans un dystric cambisol (DC) et un rendzic leptosol (RL) afin de comprendre l’in- fluence du type de sol et de la profondeur sur la dégradation racinaire et la libération d’éléments (Expérience principale). D’autres sachets ont été enterrés à 5cm de profondeur dans un eutric cambisol (EC), sous un toit simulant la sécheresse et dans une zone témoin attenante afin de déterminer l’influence des précipitations (Expérience sécheresse). Les échantillons ont été récupérés tous les 2 mois et analysés pour le pourcentage de masse restant et la concentration en éléments majeurs. Les taux de décomposition k et temps de résidence (TR) ont été déterminés. Le pourcentage de masse restant est similaire entre les 4 zones de l’expérience principale (2 profondeurs DC et 2 profondeurs RL). Le type de sol et la profondeur ne semblent pas avoir d’influence sur la dégradation racinaire dans son ensemble. Les pourcentages massiques sont analogues sous le toit et dans le témoin également, le régime de précipitations semblant sans influence lors de cette étude réalisée pendant un printemps-été particulièrement sec. La dynamique individuelle de chaque élément a été discutée pour l’expérience principale. Les éléments labiles sont libérés plus rapidement que les éléments liés à des molécules minérales. Certains éléments tels que Si et Ca seraient reprécipités en minéraux secondaires lors de leur libération. Des différences entre les types de sol apparaissent pour certains éléments : elles pourraient être expliquées par des différences initiales de concentration de ces éléments dans les racines. Les TR 50% et TR 99%, 4 zones combinées (DC et RL) s’accordent sur la série de mobilité suivante : K > Mg > Fe > P > Si > Mn > Ca > S > Al > N.
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Dacryodes edulis encore appelé Safoutier est espèce fruitière africaine prisé pour son fruit et dont les multiples intérêts qui lui sont reconnus ne sont plus à démonter. Cependant, bien que cultivé et largement répanndu dans son aire de distribution, son stade de domestication reste encore difficile à définir suivant les localités dans lesquelles on l’étudie. Aussi, face aux dégradations des écosystèmes, aux changements climatiques et à la tendance évolutive du marché des fruits du safoutier, étudier le rôle des pratiques locales de gestion dans la structuration de la diversité de l’espèce au niveau de ses différents habitats est essentielle. Cela permettra d’évaluer son aptitude à résister aux conditions climatiques changeantes et à répondre aux besoins des agriculteurs. Cette ’étude a comme objectif général de comprendre l’histoire de la domestication du safoutier par une étude comparative des populations sauvages et cultivées. L’identification et la caractérisation les candidats sauvages et domestiqués, à partir d’une comparaison moléculaire (ADN) et morphométrique a montré que : (1) aucune structuration génétique des populations échantillonnées ne dépend des statuts identifiés a priori encore moins de la géographie, (2) les individus sauvages a priori et moins nombreux (effectif=17) se singularisent par des individus ayant des troncs sans fourche, des écorces en plaque irrégulière, des feuilles avec des pétioles renflés, tandis que les cultivés (effectif=122) comporte des individus possédant des fourches, des écorces avec des lenticelles, des feuilles avec des pétioles renflés et sillonnés en plus d’avoir des pubescences de types simple écailleux. Un échantillonnage plus important des données morphologiques mais également des organes non stériles pourrait permettre de confirmer ou infirmer les caractérisations obtenues.
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Les changements climatiques ne sont pas nouveaux mais ceux auxquels nous sommes confrontés actuellement sont trop rapides pour permettre la migration ou l’adaptation d’organismes longévifs comme les arbres. Il devient donc urgent de trouver des espèces mieux adaptées aux conditions futures. Le pin d’Alep (Pinus halepensis Mill.) et le pin brutia (Pinus brutia Ten.) sont deux essences majeures des forêts méditerranéennes. Elles sont connues pour leur résistance à la sécheresse et fournissent de nombreux services comme la protection des sols, la production de résine et de bois. Aujourd’hui, les gestionnaires forestiers souhaitent valoriser ces espèces tout en assurant la résilience des forêts. Il convient donc de choisir le matériel génétique approprié pour satisfaire aux conditions environnementales actuelles et futures. L’objectif de ce travail est de déterminer les meilleures provenances de pin d’Alep et pin brutia sur base de leurs performances (accroissement, hauteur, circonférence et survie) et caractéristiques de forme (rectitude du tronc et branchaison). Pour comparer ces provenances, il est nécessaire de considérer la compétition subie par les individus, qui affecte leurs performances. Pour ce faire, différents indices de compétition, issus de la littérature ou développés à partir des produits du drone (orthophoto, MNH, NDVI) sont utilisés. Les indices issus des produits du drone (MNH et NDVI) présentent des résultats encourageants mais sont à améliorer, notamment par une détection automatique des houppiers. Le pin brutia est, en moyenne, plus performant et plus droit que le pin d’Alep. La compétition établie au sein de la plantation semble être à la fois symétrique et asymétrique. Elle affecte négativement les performances et la rectitude du tronc des individus. La provenance la plus prometteuse semble être KISI (P. brutia), originaire de Turquie.
pin --- Alep --- brutia --- P. halepensis --- P. brutia --- provenances --- performances --- compétition --- drone --- Sciences du vivant > Biologie végétale (sciences végétales, sylviculture, mycologie...)
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Ces dernières années, nos essences forestières de production ont connu des dépérissements suite au changement climatique. Les arbres sont fragilisés par des épisodes de sécheresse plus fréquents et certains ravageurs en profitent. C’est dans ce contexte que le projet Trees for future a été mis en place. Son réseau de parcelles réparties à travers la Belgique a pour objectif de tester des essences et des provenances résistantes à la sécheresse qui pourraient produire du bois de qualité dans le futur. Cette étude vise à faire, pour la première fois, un état des lieux du projet et une adéquation stationnelle théorique des essences qui met en avant la disponibilité en eau. Pour ce faire, des sondages pédologiques ont été réalisés dans tous les sites du projet et des recherches bibliographiques ont été menées sur les besoins édaphiques et les mécanismes de résistance à la sécheresse de chaque essence. Les résultats montrent qu’une partie des sites présentent des risques en terme d’adaptation à la sécheresse des essences. Et dans une partie des sites, les essences ne sont pas en optimum ou en tolérance sur la station à cause du niveau hydrique. Les résultats ne visent cependant pas à prédire le comportement des essences mais bien à expliquer la possible cause d’un problème qui surviendrait plus tard. En parallèle, une adéquation climatiques des essences entre le climat belge et le climat dans leur aire de répartition naturelle a montré une correspondance dans la majorité des cas sauf pour des essences telles que Quercus cerris, Pinus pinaster, Liquidambar styracyflua, Cedrus deodara, Quercus pubescens, Metasequoia glyptostroboides et Sequoia sempervirens. De plus, le métaséquoia et le séquoia sempervirent semblent, selon la littérature, sensibles à la sécheresse et donc non adaptés aux situations climatiques futures avec des vagues de sécheresse plus fréquentes.
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Ce mémoire a été réalisé par Alain Gervasi et s’intéresse à la caractérisation et étude de la motilité et du phototactisme de Chlamydomonas reinhardtii et Euglena gracilis exposées à différentes intensités lumineuses. Il a été réalisé en 2022 au BotaBotLab sous la supervision de Pierre Cardol (laboratoire de génétique et physiologie des microalgues) et du Professeur Patrick E. Meyer (laboratoire de biologie des systèmes). Ce travail a consisté à développer des outils informatiques d’analyse en temps réel de la motilité d’organismes unicellulaires flagellées tels que C. reinhardtii ou E. gracilis en employant un microscope automatique précédemment développé au laboratoire. Des souches sauvages cultivées sous une lumière de 100 µE/m².s ont été observées pour permettre de développer et calibrer les logiciels d’analyse d’image en temps réel nécessaires à l'obtention de mesures quantitatives de morphologie et motilité. La bibliothèque d'analyse d’image open source OpenCV a été employée pour effectuer un prétraitement automatique des images et en extraire les caractéristiques principales (nombre de cellules, forme, taille, couleur, direction et vitesse de déplacement, …). Une attention particulière a été portée pour limiter les erreurs de mesures en développant des stratégies capables de corriger certains biais. Le logiciel est ainsi capable d’ignorer les corps étrangers flottant dans le liquide ainsi que les cellules hors du plan focal ou formant des agrégats. Il est également en mesure de quantifier un éventuel courant entraînant les algues dans une direction préférentielle (généralement en raison des mouvements de convection dans le liquide) et de soustraire ce dernier aux vecteurs de déplacement mesuré. Enfin, il est capable de différencier et calculer la proportion de cellules motiles et non motiles et de n’inclure que les cellules motiles dans les calculs de vitesse moyenne. Ces données permettront de mieux caractériser les organismes étudiés au laboratoire en apportant de nouveaux paramètres inédits qui compléteront les mesures biochimiques et biophysiques actuellement utilisées. Un système permettant d’étudier le gravitaxie et phototactisme en plaçant les échantillons dans une cuvette de spectrophotomètre et en observant les cellules à l’aide d’une lumière inactinique (850nm) a aussi été conçu. Un éclairage contrôlé électroniquement était placé au-dessus de la cuvette pour permettre d’exposer les cellules à de la lumière blanche. Le logiciel qui a été développé était alors en mesure de déterminer l’orientation et proportion de cellules se déplaçant vers la lumière ou coulant vers le fond de la cuvette ainsi que leurs vitesses. Des cultures test de C. reinhardtii ou E. gracilis ont été ensuite réalisées à des intensités lumineuses de 10 - 50 - 200 et 500 µE/m².s dans le but de déterminer si une éventuelle acclimatation aux faibles ou fortes intensités lumineuses impliquait une modification de la morphologie et motilité. La croissance des cultures a été suivie par des mesures de densité optique à 750nm. Des échantillons ont été observés à l’aide du microscope automatique à différents intervalles de temps, et analysés par le logiciel de computer vision. Ces tests ont permis de mettre en évidence la capacité de C. reinhardtii à maintenir un phototactisme malgré une culture sous une lumière intense. Une forte diminution de la vitesse de nage et de la proportion de cellules motiles a cependant été observée. La motilité d’E. gracilis n’a été au contraire que peu altérée. Le pourcentage de cellules motiles et la vitesse moyenne de nage sont relativement similaires, quelle que soit l’intensité lumineuse à laquelle ces dernières ont été exposées lors de leur culture. Cela laisse penser qu’une motilité robuste est importante pour cet organisme qui ne bénéficie que de peu de stratégies de photoprotection. Une modification de la morphologie d’E. gracilis (élongation des cellules) et C. reinhardtii (diminution du diamètre) a également été observée.
Bioinformatique --- Bioautomatique --- Open-Source --- Microscopie --- Motilité --- Microalgues --- Photosynthèse --- Sciences du vivant > Biologie végétale (sciences végétales, sylviculture, mycologie...)
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Le lin oléagineux (Linum usitatissimum L.) est une culture aux multiples débouchés (industrie, alimentation humaine et animale, …). Cependant, elle est peu cultivée en Belgique. Les références techniques sur le sujet sont peu nombreuses. Afin de mieux conseiller les agriculteurs et les autres parties prenantes sur la culture du lin oléagineux d’hiver en Belgique, des essais ont été menés en micro-parcelles à Lonzée (Belgique). Ceux-ci portaient sur l’évaluation de dix variétés, de six modalités de fertilisation azotée et de cinq modalités de désherbage. Le but était d’étudier différents éléments de l’itinéraire cultural afin de les optimiser. L’essai variétal a permis de mettre en avant diverses corrélations entre les variables mesurées (densité, symptômes foliaires, rendement, …). Par la suite, quatre groupes distincts de variétés ont pu être différenciés. Chacun de ceux-ci est caractérisé par des critères propres. Cette analyse permet de distinguer les variétés les plus adaptées au territoire belge. L’essai sur la fertilisation a confirmé que la culture de lin oléagineux est peu demandeuse en intrant azoté. Un faible apport en azote de l’ordre de 50 kgN/ha a permis de se différencier en termes de rendement de la modalité non fertilisée tout en étant non significativement différent de la modalité à 110 kgN/ha. Ces conclusions sont cependant très dépendantes des conditions climatiques annuelles. L’essai sur le désherbage a pu démontrer l’efficacité du désherbage chimique et mixte (mécanique et chimique) en culture de lin oléagineux d’hiver. Il a aussi mis en avant les limites du désherbage mécanique. De nombreuses études sont encore à mener sur le sujet afin de tirer des conclusions pertinentes à long terme. Linseed (Linum usitatissimum L.) is a numerous outlets crop (industry, human and animals feeding, …). However, it is not much cultivated in Belgium. Technical references on this subject are few. In order to advise farmers and other stakeholders on winter linseed in Belgium, trials on micro-plots were established in Lonzée (Belgium). Those trials studied ten varieties, six nitrogen fertilization modalities and five weeding modalities. The goal was to study different elements of the cultural itinerary to be able to optimize them. The varieties trial enabled to highlight different correlations between measured variables (density, foliar symptoms, yield…). Afterwards, four distinct groups of varieties were differentiated. Each of these is characterised by its own characteristics. This analysis allows to distinguish varieties which are the most suitable for the Belgian territory. The fertilization trial confirmed that linseed crop needs little nitrogen fertilization. A little nitrogen input like 50 kgN/ha enabled to distinguished in terms of yield from unfertilized modality. Little nitrogen input wasn’t significantly different from 110 kgN/ha modality. These conclusions are however dependant to annual climate conditions. The weeding trial highlighted the efficiency of chemical weeding and mixed weeding in winter linseed crop. This trial also showed the limits of mechanical weeding. Many studies are still to be carried out on this subject to draw relevant conclusions in the long- term.
Linum usitatissimum --- lin oléagineux --- variété --- fertilisation --- désherbage --- Linum usitatissimum --- linseed --- variety --- fertilization --- weeding --- Sciences du vivant > Agriculture & agronomie --- Sciences du vivant > Biologie végétale (sciences végétales, sylviculture, mycologie...)
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The creation of roads and skid trails by logging operations leads to changes in the structure of the forest habitat and could influence the movement patterns of wildlife. This study aims to assess the influence of the creation of logging roads on the movements of six emblematic species of the Central African forests. We conducted camera traps and dung surveys on three types of tracks (secondary roads, skid trails and elephant paths) in a logging concession in south-east Cameroon. The results of these surveys were used to calculate relative abundance indices (RAI) and kilometre abundance indices (KAI) respectively. Data were analysed by ANOVAs using environmental and behavioural factors. The results showed no significant effects of any of the environmental factors on the indices of abundance of gorillas (Gorilla gorilla Savage), chimpanzees (Pan troglodytes Blumenbach) and leopards (Panthera pardus Linnaeus). In contrast, significantly higher indices of abundance on secondary roads was generally observed for forest elephants (Loxodonta cyclotis Matschie), buffaloes (Syncerus caffer Sparrman) and bongos (Tragelaphus eurycerus Ogilby). Differences in track use between day and night were observed, with gorillas and chimpanzees being more detected during the day and elephants being more detected at night. Movement patterns did not appear to be different between solitary individuals and groups. In general, the results indicate that large mammals use secondary roads and skid trails in their movement patterns. Secondary roads seem to facilitate the movement of elephants, buffaloes and bongos. Herbivores seem to take advantage of the pioneer herbaceous vegetation that grows on secondary roads and skid trails to feed. Changes in track use could have ecological consequences in forest structure and composition and has implications for conservation measures (particularly anti-poaching) to be implemented. Further studies should be conducted to increase sampling rates over time and space to consider seasonality, vegetation growth, geographical variability and anthropogenic influence.
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Le blé est une céréale largement cultivée à travers le monde. En Belgique, le blé est principalement attaqué par trois maladies fongiques : la septoriose (Zymoseptoria tritici), la rouille jaune (Puccinia striiformis) et la rouille brune (Puccinia triticina). Les fongicides représentent une proportion importante des produits phytosanitaires pour la culture. L’usage de mélanges de variétés permet de réduire la pression fongique et de limiter ainsi l’usage de fongicides. Ce travail consiste en un suivi des maladies, une analyse de l'influence des protections fongiques ainsi qu’une analyse interannuelle des rendements agronomiques et économiques de variétés cultivées en pure et en mélange. L’année 2022 a été propice au développement de la rouille jaune mais défavorable à la rouille brune et à la septoriose. L’étude de la dynamique des trois maladies a permis de déterminer leur mode de propagation sur les étages foliaires des plantes pour chaque variété ainsi que leur propagation dans un mélange variétal. L’analyse de l’influence de la protection fongicide sur le développement des maladies a permis d’identifier qu’une protection totale n’est généralement pas nécessaire pour une protection optimale des plantes. Concernant les rouilles, les résistances variétales permettent une protection totale ou optimale tandis que pour la septoriose, aucune variété n’est totalement résistante. Les rendements varient annuellement en fonction des conditions climatiques et des pressions fongiques. Par contre, les variétés se comportent presque similairement chaque année. Les rendements agronomiques sont dans la majorité des cas équivalents avec une protection fongicide partielle ou totale. Les fongicides ayant un coût d’usage et d’application, une protection fongicide partielle permet dans la majorité des cas d’être plus économique et plus écologique. L’usage de mélanges variétaux est pertinent principalement lorsque les conditions culturales sont défavorables. Sans protection fongique, les gains de rendements liés à l’usage d’un mélange variétal est de 3,36%. Le gain de rendement est corrélé négativement avec l'application de fongicides.
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