Choose an application

• Reference Manager
• EndNote
• RefWorks (Direct export to RefWorks)

Plant nematodes.

Choose an application

• Reference Manager
• EndNote
• RefWorks (Direct export to RefWorks)

Plant viruses --- diagnosis --- Immunological techniques --- Tracer techniques --- plant nematodes --- Vectors --- Genetic resistance

Choose an application

• Reference Manager
• EndNote
• RefWorks (Direct export to RefWorks)

Caenorhabditis elegans is een kleine vrijlevende bacteriovore bodemnematode, die in het post-genomische tijdperk razendsnel uitgegroeid is tot een supermodel. Deze worm wordt niet alleen gebruikt voor de studie van parasitaire nematoden, maar vormt tevens een belangrijk model voor de studie van menselijke ziektegenen. In de moderne geneeskunde en bij pestbestrijding vormen G-proteine gekoppelde receptoren de belangrijkste groep van doelwitmoleculen voor zowel agro-chemische stoffen als therapeutische geneesmiddelen. Het farmacologische belang van GPCRs en hun liganden wordt nu uitgebuit om de potentiële doelwitmoleculen van de toekomst te identificeren. Neuropeptiden en hun receptoren bekleden de hoogste hiërarchische positie in de fysiologie van dieren en orchestreren diverse biologische processen en gedragingen, waaronder reproductie, metamorfose, suiker- en vetmetabolisme, de regulatie van lichaamspigmentatie, voedselopname, vertering, voortbeweging enz. Ondanks de vele inspanningen, die geleverd zijn na de vervollediging van het C. elegans genoom in 1998, en de uitgesproken diversiteit aan potentiële signaalmoleculen, is er maar zéér weinig geweten over de neuropeptiderge signaaltransductiesystemen die aan de basis liggen van de complexe gedragingen van dit nematode supermodel. Het doel van deze studie richtte zich dan ook op de identificatie en ontwezing van enkele nieuwe neuropeptide receptor signaalsystemen en de ontrafeling van hun rol in het gedrag van C. elegans , en van nematoden in het algemeen. Eerst hebben we met behulp van een specifieke bio-informatica tool de potentiële peptide bindende GPCRs in het C. elegans genoom geïdentificeerd en geselecteerd. Het aansluitend gebruik van een gecombineerde omgekeerde farmacologie strategie resulteerde in de succesvolle ontwezing van zes GPCRs, waarvan er vijf gekoppeld konden worden aan een natuurlijk ligand behorende tot de NLP peptiden familie. Het gecombineerde gebruik van biochemische en peptidomics methoden heeft in deze studie o.a. geleid tot de biochemische isolatie, identificatie en karakterisatie van drie pigment dispersing factor -achtige neuropeptiden (PDF-1a, b en PDF-2) en de ontwezing van drie overeenkomstige PDF receptoren (PDFR). Tot op heden werd dit PDF neuropeptide signaalsysteem enkel aangetoond in enkele arthropoden als onderdeel van hun circadiane klok. Bij nematoden werd nog geen enkele component van de circadiane klok ontmaskerd. Het nieuw ontdekte PDF signaalsysteem blijkt zeer goed geconserveerd te zijn binnen de nematoden, waaronder ook vele parasitaire soorten. In vivo lokalisatie experimenten tonen aan dat veel van de cellen die PDF of hun receptoren tot expressie brengen, betrokken zijn bij de integratie van omgevingssignalen en de regulatie van de voortbeweging. Aan de hand van functionele testen konden we achterhalen dat het PDF signaalsysteem het voortbewegingsgedrag beïnvloedt en meer specifiek dat PDF-1 mede verantwoordelijk is voor de regulatie van het circadiane activiteitsritme van C. elegans . Mutanten zonder PDF-1 vertonen immers een in de tijd naar voor geschoven activiteitsritme (onder licht-donker cyclus) en worden zelfs volledig aritmisch onder constante duisternis. qRT-PCR analyses toonden aan dat de spiegels van de PDF transcripten hoger liggen gedurende de nacht en constant laag zijn tijdens de dag. Dit valt mogelijk te verklaren door het directe of indirecte effect van licht gemedieerde belemmering van de PDF expressie. Onze resultaten geven aan dat de PDF peptiden waarschijnlijk een belangrijke rol spelen als “output” signaal in het mechanisme dat aan de basis ligt van de circadiane klok bij C. elegans . Het geheel van onze resultaten wijst er op dat het PDF neuropeptide signaalsysteem, dat het klokritme oplegt aan gedragingen bij de fruitvlieg Drosophila , goed geconserveerd is gebleven binnen de invertebraten, niet alleen structureel maar ook functioneel. Het versterkt tevens de hypothese dat de rol van het PDF signaalsysteem in de circadiane klok van invertebraten functioneel verwant is met de rol van het VIP neuropeptide signaalsysteem in de klok van zoogdieren. Ondanks de vele inspanningen die volgden op de ontdekking van cholecystokinine/gastrine immunoreactiviteit in nematoden 23 jaar geleden, is de identiteit van deze nematode CCK/gastrine-achtige peptiden steeds een raadsel gebleven. Door C. elegans receptoren, waarvan voorspeld werd dat ze verwant zouden zijn met de zoogdier CCKR receptoren, als vislijn te gebruiken, zijn we er nu in geslaagd twee endogene CCK-achtige peptiden te identificeren en te koppelen aan deze receptoren. Deze peptiden worden gecodeerd door het precursor-proteïne NLP-12. Leden van de CCK/gastrine familie, waartoe ook de sulfakinines van arthropoden worden gerekend, en hun overeenkomstige receptoren spelen een belangrijke rol in de regulatie van voedingsgedrag (verzadiging) en energie homeostase. Het nieuw ontdekte CCK/gastrine-achtig signaalsysteem blijkt sterk geconserveerd te zijn binnen de groep van nematoden, waaronder vele soorten parasieten. Vanuit een evolutionair oogpunt bekeken, zouden deze nematode CCK-achtige peptiden de tot nu toe oudst bekende leden vormen van de CCK/gastrine familie. Een in vivo expressie analyse toonde aan dat deze nematode CCK-achtige peptiden mogelijks gesecreteerd worden door in de zenuwring gelegen vesikel-gevulde aanhangsels van het DVA neuron. Deze aanhangsels vormen mogelijk het equivalent van de neurohemale organen van insecten (~corpora cardiaca) en vertebraten (~hypofyse). De peptiden blijken in vivo ongesulfateerd voor te komen en reageren specifiek met een antilichaam gericht tegen het humaan CCK-8. Zowel de receptoren als hun CCK-achtige liganden vertonen sterke gelijkenissen met hun vertebraat en arthropood tegenhangers. Tevens vervullen ze een functioneel gelijkende biologische rol met betrekking tot de secretie van verteringsenzymen en de opslag van vetten. Het geheel van onze resultaten geeft aan dat dit nieuwe geïdentificeerde neuropeptide signaalsysteem bij C. elegans niet alleen het structureel maar tevens het functioneel homoloog vormt van het CCK/gastrine signaalsysteem bij vertebraten en het sulfakinine signaalsysteem bij arthropoden. Onze maatschappij evolueert naar een wereldwijde ‘24/7’ economie en cultuur, met ploegenwerk en jetlag als standaard, en zwaarlijvigheid en zijn bijhorende ziekten die al snel de industriële epidemie van de 21e eeuw zullen worden. Het belang en potentieel van een betere kennis omtrent deze twee neuropeptide signaalsystemen in een super modelorganisme zoals C. elegans spreekt daarom voor zich. In the post-genomic era, a small, free-living bacteriovorous soil nematode called Caenorhabditis elegans has rapidly reached a supermodel status, not only in the study of parasitic nematodes, but also as a model to study human diseases. In modern medicine and pest control, G protein-coupled receptors constitute the most important molecular targets for agro-pharmaceutical as well as therapeutic drugs. Today, the pharmacological significance of GPCRs and their proposed ligands is used to identify tomorrow’s drug targets. Neuropeptides and their receptors occupy the highest hierarchic position in animal physiology and orchestrate many biological processes and behaviors including reproduction, metamorphosis, sugar and fat metabolism, regulation of body pigmentation, water balance, food intake, digestion, locomotion, etc. Despite many efforts following the completion of the C. elegans genome in 1998 and the rich diversity of putative signaling molecules, only very little is known about the neuropeptidergic signaling systems that underlie the behavioral complexity of this nematode supermodel. In this study, we tried not only to identify and deorphan several neuropeptide receptor signaling systems but also to unravel their biological role in the behavior of C. elegans , and nematodes in general. We started off by identifying and selecting putative peptide binding GPCRs in the C. elegans genome with the help of a specialized motif based bioinformatics tool called MEME/MAST. The subsequent use of a combined reverse pharmacology approach has proven to be successful and resulted in the deorphanization of six GPCRs, five of which couple to natural ligands of the NLP family of peptides. The combinatorial approach of biochemistry and peptidomics has lead to the biochemical isolation, identification and characterization of three pigment dispersing factor -like neuropeptides (PDF-1a, b and PDF-2) and has enabled us to couple the natural C. elegans PDF peptides to three of their cognate receptors (PDFRs). So far, PDF neuropeptide signaling had only been reported in arthropods as part of their circadian clock. In nematodes, not a single component of the circadian clock was identified so far. The newly discovered elaborate PDF signaling system seems to be very well conserved within nematodes, including many parasitic species. In vivo localization revealed that many of the PDF and PDFR expressing cells play a role in the integration of environmental stimuli and the control of locomotion. We also demonstrated that this neuropeptide system is involved in the regulation of locomotor behavior and have uncovered a distinct function of PDF-1 in the control of the circadian activity rhythm observed in C. elegans . Mutants lacking PDF-1 were found to display a phase-advanced activity rhythm under light-dark entrainment and to become completely arrhythmic under constant dark conditions. Our results indicate that PDF transcript levels are elevated during the night and constantly low during the day, which is likely the result of a direct or indirect effect of light mediated inhibition on PDF expression. These results indicate that PDF peptides likely constitute an important output signal in the mechanism underlying the circadian clock in C. elegans . Taken together, our data suggest that the PDF neuropeptide signaling system, which imposes the clock rhythm on behavior in Drosophila , seems to be well conserved, not only structurally but also functionally, during the course of invertebrate evolution. It also strengthens the hypothesis of a functional conservation of the invertebrate PDF- and mammalian VIP neuropeptide signaling systems in the circadian clock. Despite many efforts following the discovery of cholecystokinin/gastrin immunoreactivity in nematodes 23 years ago, the identity of the nematode CCK/gastrin related peptides had remained a mystery ever since. By using the putative C. elegans CCK receptors as a fishing line, we were able to identify two CCK-like neuropeptides encoded by NLP-12 as the natural ligands of these receptors. Members of the CCK/gastrin peptide family, including the arthropod sulfakinins, and their cognate receptors, are known to play an important role in the regulation of feeding behavior (satiety) and energy homeostasis. The newly discovered CCK/gastrin-like signaling system is very well conserved within nematodes, many of which are parasitic. In terms of evolution, the nematode CCK-like peptides represent the oldest members of the CCK/gastrin family of peptides known to date. Our in vivo expression analysis indicates that the nematode CCK-like peptides are secreted from vesicle-filled varicosities in the DVA neuron process of the nerve ring, which could represent the nematode equivalent of the neurohemal organs found in insects (i.e. corpora cardiaca) and vertebrates (i.e. pituitary gland). The peptides seem to occur unsulfated in vivo , and react specifically with a human CCK-8 antibody. Both, receptors and CCK-like ligands, share a high degree of structural similarity with their vertebrate and arthropod counterparts and also display similar biological activities with respect to digestive enzyme secretion and fat storage. Together, these results indicate that this newly identified neuropeptide signaling system in C. elegans constitutes not only the structural, but also the functional homologue of the CCK/gastrin signaling system of vertebrates and the sulfakinin signaling system of arthropods. As our society moves towards a worldwide ‘24/7’ economy and culture, with shift work and jet lag almost the norm, and obesity and its alimentary diseases rapidly becoming the industrial epidemic of the 21th century,

Academic collection --- 577.2 --- 577.1 --- 595.132 --- 595.132 Nematodes. Roundworms. Threadworm. Eelworm. Vinegar eel. Gapeworm. Hookworm --- Nematodes. Roundworms. Threadworm. Eelworm. Vinegar eel. Gapeworm. Hookworm --- 577.1 Chemical bases of life. Biochemistry and bio-organic chemistry generally --- Chemical bases of life. Biochemistry and bio-organic chemistry generally --- 577.2 Molecular bases of life. Molecular biology --- Molecular bases of life. Molecular biology --- Theses

Choose an application

• Reference Manager
• EndNote
• RefWorks (Direct export to RefWorks)

Pinus --- Monochamus --- Vecteur de maladie --- Vectors --- Bursaphelenchus xylophilus --- Cycle de développement --- life cycle --- Pathologie forestière --- forest pathology --- Choix des espèces --- Choice of species --- Résistance aux organismes nuisibles --- Pest resistance --- China --- Japon --- Japan --- Taïwan --- Taiwan --- Portugal --- USA --- Canada --- Mexico --- Sciences and engineering --- biological sciences --- agriculture --- plant pathology --- 595.132 --- 630*453 --- Nematodes. Roundworms. Threadworm. Eelworm. Vinegar eel. Gapeworm. Hookworm --- Damage by insects --- Theses --- 595.132 Nematodes. Roundworms. Threadworm. Eelworm. Vinegar eel. Gapeworm. Hookworm --- plant pathology. --- Taiwan. --- Biological sciences --- Agriculture --- Plant pathology.

Choose an application

• Reference Manager
• EndNote
• RefWorks (Direct export to RefWorks)

The second volume of the IMPD series describes aspects related to most important phytoparasitic nematodes, considering the integration of biological control methods with other management practices and technologies, including the use of predatory nematodes and microbial rhizosphere antagonists. Chapters cover topics like the mode of action and interactions of nematophagous fungi, the efficacy of control and management of plant parasitic nematode communities through a soil conservation approach, and exploitation of nematodes-bacteria antagonistic relationships. A focus is given on regional issues, like the management of nematodes parasitizing staple crops, i.e. andean tubers or some important grain crops, like soybean in North and South America or cereals. A review on nematode management in cotton is integrated by a chapter on management of nematodes on wheat. New technologies are also revised, including the potentials of control methods based on RNA interference and issues related to the use of biofumigation to control nematodes in different regional or crop contexts.

Plant nematodes --- Nematodes --- Biological control. --- Control --- Agriculture. --- Plant diseases. --- Invertebrates. --- Botany. --- Ecology. --- Plant Pathology. --- Plant Sciences. --- Balance of nature --- Biology --- Bionomics --- Ecological processes --- Ecological science --- Ecological sciences --- Environment --- Environmental biology --- Oecology --- Environmental sciences --- Population biology --- Botanical science --- Phytobiology --- Phytography --- Phytology --- Plant biology --- Plant science --- Natural history --- Plants --- Invertebrata --- Animals --- Botany --- Communicable diseases in plants --- Crop diseases --- Crops --- Diseases of plants --- Microbial diseases in plants --- Pathological botany --- Pathology, Vegetable --- Phytopathology --- Plant pathology --- Vegetable pathology --- Agricultural pests --- Crop losses --- Diseased plants --- Phytopathogenic microorganisms --- Plant pathologists --- Plant quarantine --- Farming --- Husbandry --- Industrial arts --- Life sciences --- Food supply --- Land use, Rural --- Ecology --- Pathology --- Diseases and pests --- Diseases --- Wounds and injuries --- Plant pathology. --- Plant science. --- Ecology . --- Floristic botany