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Influence du polymorphisme de l'immunoprotéasome sur l'apprêtement d'épitopes reconnus par des lymphocytes T cytolytiques
Authors: --- ---
Year: 2000 Publisher: Bruxelles: UCL,

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Abstract

The proteasome is a large multicatalytic protease complex which is responsible for the selective degradation of intracellular proteins and the production of peptides for antigen presentation by MHC class I molecules. Presentation on the cell surface of peptides derived from the spectrum of proteins expressed in the cell allows cytotoxic T lymphocytes to identify infected or tumor cells.
In Eukaryotes, the 20S core proteasome is made of four stacked rings. The outer two rings are each composed of seven distinct α subunits, and the central two rings of seven distinct β subunits, which surround a central chamber where proteolysis occurs. The proteolytic activity is exerted by three of the β subunits. The 20S core proteasome can associate with two regulatory complexes, the 19S cap and the PA28 cap. When mammalian cells are exposed to IFN-γ -, the three catalytic subunits or the standard proteasome, β1, β2 and β5, are replaced by their IFN-γ –inducible homologs, LMP2, MECL1 and LMP7, respectively. This new complex, called immunoproteasome, appears globally more efficient than the standard proteasome to generate peptides well suited for presentation by MHC class I molecules. For the first time however, a lack of processing by the immunoproteasome of two epitopes, RU1 34-42 and Melan-A26-35, has been shown by S. Morel et al. this study allows us to identify a third épitope that is not efficiently produced by the immunoproteasome: gp100 209-17.
We also developed an alternative method to the IFN-γ treatment, which has multiple intracellular effects, to induce immunoproteasome expression. We started the construction of an inducible vector containing simultaneously the LMP2, LMP7 and MECL1 cDNA. This vector should help the study of the processing by the immunoproteasome of a large number of antigenic epitopes.
a polymorphism involving one amino acid has been described in the LMP2 and LMP7 human subunits. To explain some contradictory results, we considered an influence of this polymorphism on the processing of Melan-A26-35 / HLA-A2. The results we obtained from this study and from another comparing the processing of RU1 34-42 by immunoproteasomes containing different LMP7 alleles, do not seem to support this hypothesis. Further work is in progress to confirm this point. An influence of the polymorphism of the immunoproteasome on its activity would have implications for tolerance and autoimmunity. Le protéasome est une complexe multicatalytique responsable de la dégradation sélective des protéines intracellulaires et de la production de peptides destines à être présentés par les molécules MHC de classe I. La présentation à la surface des cellules d’un éventail de peptides issus des protéines intracellulaires permet au système immunitaire d’identifier des cellules infectées ou tumorales grâce à la reconnaissance d’antigènes étrangers ou anormaux par les lymphocytes T cytolytiques.
Chez les Eucaryotes, le protéasome de base, appelé protéasome 20S, est constitué de quatre anneaux superposés. Les deux anneaux externes sont composés de sept sous-unités α différentes et les anneaux internes de sept sous-unités β différentes qui entourent une cavité où a lieu la protéolyse. L’activité protéolytique est exercée par trois des sous-unités β. Le protéasome 20S peut s’associer avec deux types de complexes qui modulent son activité, les régulateurs 19S et PA28. Lorsque les cellules mammifères sont exposées à l’IFN-γ, les trios sous-unités catalytiques du protéasome standard, β1, β2 et β5, sont remplacées par leurs homologues inductibles, LMP2, MECL1 et LMP7, respectivement. Ce nouveau complexe, appelé immunoprotéasome, semble globalement plus efficace que le protéasome standard pour produire des peptides adéquats pour se fixer aux molécules MHC de classe I. Pour la première fois, cependant, un défaut d’apprêtement par l’immunoprotéasome de deux peptides antigéniques, RUI34-42 et Melan-A26-35, a été démontré au laboratoire par S. Morel et al. Le travail réalisé dans le cadre de ce mémoire a mis en évidence un troisième épitope mal apprêté par l’immunoprotéasome : gp100 209-17. Ce défaut d’apprêtement pourrait avoir des conséquences pour l’immunothérapie du cancer et l’échappement tumoral à la réponse DTL.
Au cours de ce travail, nous avons également développé une méthode alternative au traitement à l’INF-γ, dont les effets intracellulaires sont multiplies, pour induire la formation d’immunoprotéasome dans les cellules. Nous avons entrepris la construction d’un vecteur inductible codant à la fois les sous-unités LMP2, LMP7 et MECL1. Ce vecteur devrait faciliter l’étude de l’apprêtement par l’immunoprotéasome d’un grand nombre d’autre épitopes antigéniques.
En ce qui concerne les sous-unités LMP2 et LMP7 de l’immunoprotéasome, un polymorphisme affectant un acide aminés a été décrit chez l’Homme. Afin d’expliquer certains résultats contradictoires, nous avons envisagé une influence de ce polymorphisme sur l’apprêtement de l’antigène Melan-A 26-35 / HLA-A2. Les résultats de cette étude, ainsi que ceux obtenus en comparent par la suite l’apprêtement de l’épitope RU1 34-42 par des immunoprotéasome contenant des allèles différents de LMP7, ne permettent pas de confirmer cette hypothèse, qui fera l’objet d’études ultérieures. Une influence du polymorphisme de l’immunoprotéasome sur son activité pourrait notamment avoir des implications au niveau des phénomènes de tolérances et d’autoimmunité.


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Perte de fonction des lymphocytes T : comparaison d'un lymphocyte T CD8 dépendant et d'un lymphocyte T CD8 indépendant

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Abstract

Some T lymphocytes were described as CD8-independent, because they can be activated without the CD8 co-receptor cross-linking with the HLA class I molecules. We isolated CD8-independent CTL clones to study the ability of these CTL to bind a tetramer either at rest or after stimulation. A mutated tetramer carrying two mutations in the 3 domain of the HLA molecules at the contact site with CD8, was used to isolate a CD8-independent anti-MelanA CTL clone. By screening the laboratory's collection of CTL, an anti-MAGE10 clone was also identified as being CD8-independent. At rest, these two clones can bind to both mutated and non-mutated tetramer and the intensity of staining is similar in presence or absence of a blocking anti-CD8 antibody. Previous research in the laboratory indicated that the majority of recently stimulated CD8 T lymphocytes have a reduced capacity to bind to tetramers and to produce cytokines. The suggested explanation is that the TCR and CD8 molecules are not colocalized on the cell surface of these dysfunctional T cells. The CD8-independent CTL clones were used to validate this hypothesis. We studied the staining with a mutated or a non mutated tetramer and tested the production of cytokines from rested or recently stimulated CTL. Staining with the non-mutated tetramer decreased slightly on day 4 compared to day 0 (before stimulation). The production of cytokines remained unchanged. We conclude that the absence of proximity of the TCR and CD8 molecules may be the main explanation for the dysfunction of recently stimulated T cells. The use of FRET (fluorescence resonance energy transfer) technique allows to estimate the proximity between TCR and CD8 molecules and is thus an appropriate technique to identify some anergic T cells in various types of diseases such as cancer or chronic viral diseases. Certains lymphocytes T ont été décrits comme CD8-indépendants parce qu'ils ne nécessitent pas de liaison du co-récepteur CD8 au HLA pour être activés. Nous avons isolé des CTL CD8-indépendants pour étudier leur capacité à se lier à un tétramère, au repos et après stimulation. Un tétramère, doublement muté au site de liaison avec le CD8 dans le domaine 3 du HLA, a été utilisé pour isoler un clone anti-MelanA CD8-indépendant. En criblant la collection de CTL du laboratoire, un clone anti-MAGE10 a aussi été identifié comme étant CD8-indépendant. Au repos, ces deux clones sont marqués par un tétramère non muté et aussi par un tétramère muté. Leur intensité de marquage est similaire en présence ou non d'un anticorps anti-CD8 bloquant. Des travaux au laboratoire ont montré que la plupart des lymphocytes T CD8, dans les jours qui suivent une stimulation, ont une capacité réduite à être marqués par un tétramère et à produire des cytokines. L'explication proposée est que les molécules TCR et CD8 ne sont pas colocalisées à la surface cellulaire de ces lymphocytes T dysfonctionnels. Nos clones CD8-indépendants ont été utilisés pour valider ou infirmer cette hypothèse. Nous avons étudié la capacité de marquage par un tétramère non muté et la production de cytokines des deux clones avant et après stimulation. Comparé à des CTL au repos (jour 0), le marquage par un tétramère non muté ne diminue que faiblement au jour 4 après stimulation et la production de cytokines reste similaire. Nous en concluons que l'absence de proximité des molécules TCR et CD8 serait la cause principale de non fonctionnalité des lymphocytes dans les jours qui suivent une stimulation. L'utilisation du FRET (fluorescence resonance energy transfer) permet d'estimer la proximité entre le TCR et le CD8. Le FRET serait donc une technique adéquate pour identifier des lymphocytes T anergiques dans différents types de maladies telles que cancers ou maladies virales chroniques.


Dissertation
Étude de l'expansion du vison d'Amérique (Neovison vison) en France et sur les îles avoisinantes au travers de sa structure et de sa diversité génétique.
Authors: --- --- --- --- --- et al.
Year: 2017 Publisher: Liège Université de Liège (ULiège)

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Abstract

L’invasion biologique constitue une des menaces les plus importantes pour la conservation de la biodiversité. En effet, certaines espèces introduites hors de leur aire d’origine peuvent devenir invasives et provoquer de nombreux impacts négatifs pour l’écosystème comme le déclin ou l’extinction d’espèces autochtones. Notre étude a été effectuée sur le vison d’Amérique (Neovison vison) qui est devenu une espèce invasive à l’intérieur de son aire d’origine et hors de celle-ci. L’étude s’est donc portée sur les populations canadiennes d’Ontario et celles du nord-ouest et sud de la France. Les objectifs de cette étude étaient de cerner la structure et la diversité génétique des populations échantillonnées ainsi que comprendre les origines et les relations pouvant exister entre les populations et les sous-populations.
Pour ce faire, l’analyse s’est réalisée sur 332 échantillons français dont 109 provenant de trois visonnières et 136 échantillons canadiens dont 4 sauvages. L’étude globale des échantillons et l’étude sur la population française ont été basées sur l’analyse de 12 microsatellites et de 16 microsatellites pour les animaux canadiens. Une analyse au niveau du système immunitaire du gène DRB du CMH-II a été effectuée sur 79 échantillons français et canadiens.
Nos résultats ont indiqué une grande proximité génétique entre les animaux français et canadiens. De manière surprenante, la diversité allélique apparaît plus importante pour les animaux français. Les animaux bretons se démarquent des régions du sud de la France avec une hétérogénéité génétique moins importante. De plus, nos résultats sur les marqueurs neutres et non neutres indiquent que les populations férales de vison en France sont en bonne santé génétique et que cette espèce risque de s’étendre encore plus sur le territoire français. Le développement de plans d’action plus efficace pour les populations de vison d’Amérique est donc important pour la conservation de la biodiversité française, notamment, dans le sud-ouest de la France où l’une des trois dernières populations de vison d’Europe (Mustela lutreola) survit, et sur les îles abritant des colonies importantes d’oiseaux marins.


Dissertation
Caractérisation de la hauteur et de l'accroissement de peuplements en régénération avec des données photogrammétriques et LiDAR : Application à la forêt boréale québécoise
Authors: --- --- --- --- --- et al.
Year: 2018 Publisher: Liège Université de Liège (ULiège)

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Abstract

Comme tous les écosystèmes mondiaux, les forêts sont caractérisées par une composition et une structure dynamiques dans le temps et dans l’espace. Elles sont en constante évolution, dépendantes des perturbations intrinsèques et extrinsèques qui s’y déroulent. Le domaine de la foresterie opère actuellement une transition technologique qui a pour objectif de valoriser au mieux les nouvelles méthodes de détection et d’analyse dans le but d’optimiser les inventaires sur le terrain, mais également en dehors. Les inventaires forestiers ont pour objectif de mesurer l’étendue, la quantité, la composition et les conditions des ressources forestières à un moment donné. Ils peuvent ensuite être utilisés à des fins de modélisation pour prédire des situations dans le temps et dans l’espace. Les nouvelles techniques d’inventaire tel que le LiDAR (Light Detection And Ranging) et la télédétection pourraient potentiellement substituer les techniques classiques, mais elles peuvent aussi les compléter. Malgré le grand nombre de placettes d’inventaires permanentes instaurées par le MFFP (Ministère des Forêts, de la Faune et des Parcs) pour les inventaires décennaux, peu d’entre elles se situent dans des zones de régénération dont la hauteur est inférieure à 7 m. L’intérêt grandissant du LiDAR aérien et le développement matériel qui l’accompagne ont permis au Québec de procéder à l’acquisition de nuages de points de manière systématique depuis le début de XXIe siècle. De plus il existe des photographies aériennes historiques acquises à des fins d’interprétation de la composition en essences pour les inventaires décennaux qui couvrent les mêmes zones couvertes par le LiDAR. Ces images (digitales ou analogiques) peuvent faire l’objet d’un traitement photogrammétrique afin d’en tirer un nuage de points de la structure du paysage photographié. La combinaison de ces deux outils novateurs permet de produire des modèles de hauteur de canopée (Canopy Height Model – CHM) photo-LiDAR qui caractérisent la hauteur des peuplements à une date antérieure (date de la photographie). Le CHM issu intégralement du LiDAR décrit quant à lui la hauteur de la forêt pour l’année à laquelle la donnée LiDAR a été acquise. Ces CHM peuvent être assemblés afin de produire des séries temporelles décrivant la hauteur des peuplements depuis une perturbation majeure. Confrontées avec des paramètres écologiques, ces courbes pourraient mener à la création d’un modèle de croissance des peuplements en régénération en forêt boréale québécoise. Like all global ecosystems, forests are characterized by a dynamic composition and structure in time and space. They are constantly evolving, dependent on the intrinsic and extrinsic disturbances that take place there. The field of forestry is currently undergoing a technological transition that aims to make the best use of new methods of detection and analysis to optimize inventories in the field, but also outside. Forest inventories are designed to measure the extent, quantity, composition and conditions of forest resources at a given time. They can then be used for modeling purposes to predict situations in time and space. New inventory techniques such as LiDAR (Light Detection and Ranging) and remote sensing could potentially replace conventional techniques, but they can also complement them. Despite the large number of permanent inventory plots established by the MFFP (Minister of Forests, Wildlife and Parks) for decennial inventories, few of them are in regeneration areas less than 7 m high. The growing interest of the ALS (Airborne Laser Scanning) and the material development that comes with it has enabled Québec to acquire point clouds systematically since the beginning of the 21st century. In addition, there are historical aerial photographs acquired for interpreting the species composition for ten-year inventories that cover the same areas covered by LiDAR. These images (digital or analogue) can be photogrammetrically processed to draw a point cloud from the structure of the photographed landscape. The combination of these two innovative tools makes it possible to produce photo-LiDAR Canopy Height Models (CHM) that characterize stand height at an earlier date (date of photography). The CHM derived entirely from LiDAR describes the height of the forest for the year in which the LiDAR data was acquired. These CHMs can be assembled to produce time series describing stand height from a major disturbance. Confronted with ecological parameters, these curves could lead to the creation of a growth model of regenerating stands in Quebec's boreal forest.

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