TY - THES ID - 138256391 TI - Moleculaire barcodes in genetische testen AU - Denis, Jean-François AU - Katholieke Hogeschool Limburg. Departement Industriële Wetenschappen en Technologie PY - 2009 PB - S.l. Katholieke Hogeschool Limburg DB - UniCat UR - https://www.unicat.be/uniCat?func=search&query=sysid:138256391 AB - Het Centrum voor Menselijke Erfelijkheid van het UZ Leuven maakt gebruik van een nieuwe methode om DNA te sequencen waarbij het mogelijk is om miljoenen nucleotiden in een recordtijd te analyseren. Door verschillende stalen tegelijk te analyseren wordt de analysekost gedrukt en de capaciteit van het toestel optimaal benut. Het verwerken van verschillende stalen tegelijk vergroot echter de kans op verwisselfouten met een foute testuitslag als gevolg. Om deze fouten te vermijden gebruiken we moleculaire barcodes. Dit zijn circulaire DNA-moleculen die elk voorzien zijn van een unieke code. Deze barcodes worden aangemaakt via klonering. Eerst gaan we de kloneringsstap optimaliseren, zodat er in een zo kort mogelijke tijd zoveel mogelijk barcodemoleculen aangemaakt kunnen worden. Voor deze optimalisatie concentreren we ons vooral op de digestiestap en de bijhorende enzymen. We streven ernaar de barcode reeds bij staalname, meestal bloedafname, toe te voegen. Een tweede facet van dit project is dan ook de optimale hoeveelheid barcode te bepalen die moet worden toegevoegd aan een staal. Dit doen we door gebruik te maken van Real Time-PCR met SYBR-green. Deze techniek laat toe om de verhouding genomisch DNA/barcode in een staal te bepalen. We streven naar een optimale verhouding barcodemolecule/gen. Er worden ook verschillende bloedstalen van verschillende individuen getest, om de spreiding op deze hoeveelheid te bepalen. De klonering gaf de hoogste opbrengst nadat de digestie over weekend plaatsvond op 37 °C. De optimale hoeveelheid barcode (lineair) in een bloedstaal is gelijk aan 6,36.10-3 pM bij een DNA-extractie met de Qiagen Kit. De variatie op de gevonden gemiddelde ∆Ct-waarden voor 17 verschillende bloedstalen is gelijk aan 0,399 + 0,135. ER -