TY - THES ID - 128712852 TI - Validatie van het next-generation sequencing platform MiSeq AU - De Brandt, Niels AU - Van Hoorde, Koenraad AU - Centrum Medische Genetica Gent. AU - GTB. AU - Hogeschool Gent. PY - 2013 PB - Gent : s.n., DB - UniCat KW - Ehlers-danlos syndroom. KW - H490-spaanse-taal-en-letterkunde. KW - Illumina. KW - MiSeq. KW - NGS. KW - Next-generation sequecing. KW - T490-biotechnologie. UR - https://www.unicat.be/uniCat?func=search&query=sysid:128712852 AB - De MiSeq van Illumina is één van de next-generation sequencing platformen die momenteelop de markt zijn. Het toestel werd aangekocht door het labo bindweefsels van het Centrumvan Medische Genetica te Gent in functie van het FORD-project. Het is gebaseerd opfragmentatie en tagmentatie door transposons, sequencing by synthesis en bridge PCR.Eerst werd er nagegaan of de MiSeq voldoende capaciteit heeft om al de nodige analyses tekunnen uitvoeren. Dit bleek geen enkel probleem te zijn. Bovendien werden een aantalparameters van de MiSeq verder onderzocht. Zo werd berekend of het aantal basen, die deMiSeq beweerd te hebben gesequeneerd, wel overeenstemt met de werkelijkheid. Het bleekdat de MiSeq hierin vrij optimistisch is. Vervolgens werd de optimale hoeveelheid input DNAbepaald. Volgens het protocol is dit 1,0 ng, maar met een hoeveelheid tussen 0,6ng en 0,8ngwerd een hoger rendement gehaald. Daarnaast werden verschillende methoden voor hetequimolair maken van de pools, vergeleken. Zeer onverwacht bleek het equimolair maken pergen en dus niet per volledige ID met verschillende genen, te zorgen voor een grotere variatieaan rendement. De lengte van een amplicon bleek daarentegen geen invloed op hetrendement te hebben. Het meest opvallende was de invloed van de index ter identificatie vaneen pool op het rendement. Er werd één index gevonden die zeer ondermaats bleek te werken.Daarnaast komt ook het Ehlers-Danlos syndroom van het hypermobiele type (EDS-HT) aanbod. Er wordt vermoed dat een defect bij de genen decorin en biglycan aanleiding kan geventot EDS-HT.Bij de screening van 24 patiënten werd één ongekende variant in het 3' UTR gevonden. Ditzou mogelijk een mutatie zijn die kan leiden tot EDS-HT. Maar om dit met zekerheid tekunnen zeggen zijn verdere analyses op de familie van de patiënt nodig. ER -